Bonjour,
Ma suggestion est d'inverser votre ordre de voyage:
Filez directement sur
Kyoto (1 bonne semaine y compris
Nara) et décidez une fois sur place, avec l'aide de l'office du tourisme qui vous fera gratuitement les réservations d'hôtels au fur et à mesure, de la suite de votre itinéraire, y compris Koya san,
Hiroshima,
Takayama, vallée de la Kiso, voire ailleurs en fonction de ce qui s'y passe et de vos envies, en finissant par une bonne semaine/10 jours à
Tokyo, d'où vous irez tranquillement à
Nikko et/ou
Hakone en fonction du temps et de vos envies. Ne décidez pas trop à l'avance des jours de visite en montagne sans connaître la météo...
A part mi-août et les weekends dans des endroits à onsens, vous serez essentiellement en basse saison et il ne sera pas difficile de trouver des hébergements. Laissez-vous donc la liberté d'improviser un peu, c'est beaucoup plus facile qu'il n'y paraît.
Pour votre confort, réservez les 4-5 premières nuits d'hôtel à
Kyoto et quelques jours à l'avance les dernières nuits à
Tokyo.