Bonjour,
Tout d'abord, il fait chaud et humide en été, ne prévoyez pas trop de visites dans la même journée, vous n'y arriverez pas, surtout avec des enfants de cet âge.
Ensuite, ne décidez du/des jours de visite de sites comme
Nikko, Arashiyama ou
Himeji qu'une fois sur place, en fonction de la météo et de votre état de forme.
Enfin, à moins que votre vol ne soit vraiment très tôt le matin, restez la dernière nuit à
Kyoto, il y a pléthore de trains et de bus vers l'aéroport du Kansai au départ de la gare. Cela vous épargnera un changement d'hôtel avec tous ses désagréments.
Un peu trop chargé, à mon avis. Tenez compte du temps que vous allez passer dans les transports, en checkout et checkin dans les hôtels, etc.
Himeji (prévoir la journée ?)
Avec les temps de transport, oui.
Kyoto (Arashiyama et Fushimi-inari, faisable sur la journée ?)
Pas si vous voulez profiter de chacun des sites... et vos enfants vont vous haïr s'ils ne peuvent pas profiter du bord de rivière (canotage), du parc aux singes, etc. à Arashiyama

De plus, regardez une carte, les deux sites sont totalement à l'opposé de la ville qui n'est pas petite.
Quel serait le quartier de
Tokyo idéal pour se loger ? (Situation géographique, adapté aux enfants..)
Ueno, Asakusa. Les deux sont bien connectés au reste de la ville par métro, bus et même bateau, il y a plein à voir et à faire, des parcs, etc. et c'est calme la nuit. Shibuya et Shinjuku, ce sera lorsque vous voyagerez en solo lorsque vos enfants ne voudront plus subir la honte de vacances avec leurs parents...

Pour s’orienter, le pocket Wifi est-il la seule et meilleure solution ?
Pas nécessairement. Il y a du wifi un peu partout dans la rue, les cafés, les gares, etc., de nos jours.
La carte Suica est-elle adaptée et suffisante pour se déplacer dans tout
Tokyo ?
Oui, ainsi que dans
Kyoto et
Osaka, entre autres.
Le JRPass serait-il une bonne option pour nous ?
Je pense que oui mais faites une simulation sur httphyperdia.com (en décochant "Nozomi,...) et "private railways")
Les
Alpes japonaises sont-elles un bon compromis pour nous qui souhaitons voir un peu de campagnes japonaises et peut-être souffler après l’intensité de
Tokyo ?
Oui, d'autant plus que c'est cohérent avec votre itinéraire.