Bonjour
Je ne pense pas que location de voiture (avec ou sans chauffeur) soit compatible avec un petit budget (en prenant l'hypothèse que la location de voiture sans chauffeur et sur longue durée existe à
Makassar)
Mon astuce à moi c'est de ne pas vouloir trop en voir d'un coup

Personnellement, j'ai fait un voyage en avion
Makassar/Luwuk et de là j'ai visité les archipels autour (dont les
Togian), en prenant bus locaux et ferrys pour rayonner, le tout sur 5 semaines. Les trajets n'ont jamais dépassé 8h d'affilée donc gérable. Pendant mes 2 semaines aux
Togian j'ai croisé pas mal de touristes qui arrivaient de
Rantepao en bus local, ils etaient HS malgré leur jeunesse

, au moins 20 à 30h de voyage non stop (je ne sais plus exactement mais c'est + que la journée), dans des conditions de confort très locales (ouille le dos).
Du coup, comme je ne suis pas masochiste, la partie Sud-Ouest de Sulawesi a fait l'objet d'un autre voyage de 5 semaines, j'ai loué sur un mois un scooter à
Makassar (pas facile à trouver une location de longue durée, les loueurs ont peur de ne pas revoir leur scooter), de là je suis monté à
Rantepao, puis j'ai redescendu la côte via Sinjai jusqu'à Pantai Bira et l'île de Selayar, où mon brave loueur est venu récupérer son scooter depuis
Makassar tellement il flippait que je ne lui rende pas

A moins de prendre l'avion (et encore, les aéroports ne sont pas forcément là où ça arrange le mieux), on peut difficilement contourner la lenteur des transports à Sulawesi, et si effectivement vous avez 3 semaines pour rallier
Makassar à
Manado via les
Togian, bon courage

(néanmoins beaucoup le font, en prenant le ferry qui coupe le golf de Tomini... quand celui-ci fonctionne).