C'est une question très vaste, aussi, donnez-nous quelques indications sur vos goûts, vos envies...
Par ailleurs, je vous conseillerais ceci: prenez une carte, des guides, lisez les discussions sur le site, et faites une première proposition d'itinéraire. On pourra alors vous aider à affiner. Je pense que cela sera plus efficace dans un premier temps...
Sinon, le début de parcours classique:
Lima-
Cuzco-
La Paz-
Uyuni-
Salta...et ensuite, ça dépend vraiment de vos goûts!