Au niveau tours, trois types de circuits sont proposés avec pour nombre d'entre eux des possibilités annexes de plongées:1‑ Ceux impliquant des allers‑retours quotidiens au départ d'un hôtel situé généralement à Puerto Ayora. De façon générale ils sont à déconseiller vu les temps de trajets nécessaires pour se rendre à chaque fois sur les endroits intéressants.2‑ Les circuits itinérants proposés avec différents lieux d'hébergement à terre. Mieux que les précédents, mais avec encore l'inconvénient de devoir retourner chaque soir vers son hébergement.3‑ Enfin, les tours incluant les nuits à bord du bateau. Ce sont ceux à privilégier ne serait‑ce que parce qu'il permettent une grande liberté et de bien rentabiliser son temps.Divers choix sont proposés au public avec en gros la balade à la journée, la formule 3 ou 4 jours, la 5 ou 7 jours, voire même plus.Assez logiquement on trouvera un peu de tout en terme de prestations, de confort et donc de prix.Donc, la première chose à faire est de comparer les différentes offres. Voir quels sont les trajets et les zones de visites prévues, le type d'hébergement (à bord ou à terre), le type de bateau (les gros vont plus loin mais pas forcément partout et accueillent plus de monde), le confort à bord (les gros bateaux sont en principe plus confortables), les possibilités au niveau plongée (équipement inclus dans le prix ou en sus?), et accessoirement aussi le public visé (nationalité, langues parlées à bord...).Les croisières aux Galapagos coûtent assez cher, et même de plus en plus depuis quelques temps. Bien entendu, selon les prestations fournies (et à la limite la durée), les tarifs sont bien différents. Comptez en gros un peu moins de 100 US$/jour pour les premiers prix et un confort minimum, aux alentours de 120 US$ pour du "normal", et à partir de 150 US$/jour pour du plus haut de gamme. Pensez également aux saisons, décembre/janvier et l'été sont les périodes les plus chères.

Il existe trois possibilités de réservations pour sa croisière:1‑ Au départ de chez soi via un tour‑opérateur européen ou nord‑américain (qui sous‑traite ensuite sur place). L'avantage est que c'est simple, et que l'on a plus alors à se poser de questions ensuite ni à budgétiser sa croisière pendant son voyage. L'inconvénient est que l'on peut par contre se trouver bloqué par rapport aux dates retenues et surtout qu'au final le prix peut s'avérer plus cher.2‑ On peut aussi réserver depuis l'Équateur "continental"; aucun problème pour trouver auprès des agences de Quito ou d'autres villes. Avantages: on est sûr d'avoir sa croisière (nombre d'agences locales bloquent en permanence des places) et de payer un tarif assez bon. À ce sujet, pour bien comparer, voir si le vol A/R vers les Galapagos et la taxe d'entrée du parc sont compris ou pas dans les tarifs proposés.3‑ Dernière solution: attendre d'être sur place. C'est généralement la solution la plus économique. On peut faire le tour des agences, comparer et faire jouer la concurrence. Par contre, il est vrai qu'en haute saison on ne sera pas du tout certain d'avoir la croisière de son choix pour le jour de son choix... tant est‑il d'ailleurs qu'il reste de la place pour cette époque.

A chacun de faire selon ses envies et son budget. Malgré tout on peut recommander d'acheter sa croisière plutôt sur place en hors saison, ou plus simplement de façon générale au départ de Quito ou Guayaquil sur le continent.Choisir aussi des formules qui proposent des nuits à bord du bateau. Même si c'est plus cher, on en profitera bien plus.Opter pour des bateaux pas trop gros peut être plus intéressant (moins de passagers et plus de liberté pour circuler dans les îles).En terme de durée aux alentours de 5 jours semblent apparemment bien pour nombre de personnes et permet de découvrir l'essentiel au niveau faune et flore de l'archipel.Enfin, prévoyez‑vous au minimum deux ou trois jours en plus de votre croisière pour découvrir Santa Cruz ou les quelques autres endroits que l'on peut visiter par soi‑même dans l'archipel comme l'île Isabela.