Qu'ils soient dans les Andes, l'Amazonie ou le Pantanal, les parcs et réserves naturelles occupent plus de 15% du territoire bolivien et même beaucoup plus si on ajoute la partie de la forêt amazonienne non classée. Parmi les sites protégés les plus intéressants au niveau touristique:

•	Pantanal bolivien: vaste zone de lacs, rivières, marais et lagunes dans le prolongement du Pantanal brésilien et paraguayen. La zone possède une faune et une flore très riches.

•	Parc national Amboro: ce parc qui descend des Andes jusqu'à la forêt amazonienne abrite une faune et une flore très riches.

•	Parc national Carrasco: un parc montagneux de la région de Cochabamba constitué de canyons, rivières et vallées où on peut randonner.

•	Parc national Madidi: immense parc du nord de la Bolivie qui s'étend des glaciers des Andes à la lisière de la forêt amazonienne. Il possède une faune et une flore riche et variée. On peut y randonner.

•	Parc national Noel Kempff Mercado: classé à l'Unesco ce remarquable parc limitrophe du Brésil est un des plus grands au monde. Il abrite de superbes chutes et d'innombrables espèces animales et végétales.

•	Parc national Sajama: une zone désertique d'altitude avec des volcans et des geysers, limitrophe du Chili.

•	Parc national Torotoro: dans la région de Cochabamba, ce parc est connu pour ses grottes et ses fossiles de dinosaures.

•	Réserve Eduardo Avaroa: dans le Sud Lipez, aux frontières avec le Chili et l'Argentine, de superbes paysages de lacs et de volcans ainsi que des colonies de flamants.

•	Salar de Coipasa: désert de sel moins connu que celui d'Uyuni dont il est pourtant limitrophe.

•	Salar de Uyuni: c'est le plus grand désert de sel au monde et un incontournable d'un voyage en Bolivie qui se découvre sur plusieurs jours avec ses environs.

•	Sud Lipez: à l'extrême sud‑ouest du pays. C'est une magnifique zone désertique où se mélangent lacs (dont les célèbres Laguna Verde et Colorada), volcans, geysers sur fond de montagnes.

•	Yungas: superbes vallées intermédiaires entre l'Amazonie et les cordillères. La végétation y est dense, avec de nombreuses cascades, et de bonnes opportunités de treks et de raft.