Le Nicaragua est le pays d'Amérique Centrale où les possibilités de circuler au fil de l'eau sont les plus importantes. On pourra ainsi utiliser le bateau sur le
Lago Nicaragua pour se rendre notamment sur
Ometepe, pour faire des trajets le long de la côte Caraïbes ou vers les
Islas del Maiz, ou encore plus généralement circuler sur les nombreux rios de la partie est du pays.
En comparaison, la plupart du temps, le bateau coûte plus cher que le bus; entre 5 et 10 US$ de l'heure par personne selon les trajets pour les services publics. Quant aux embarcations privées à affréter, c'est très variable mais on peut compter entre 50 et 100 US$ de l'heure pour une capacité de 5 ou 6 personnes.
Le lac Nicaragua est le plus grand lac du pays. Il abrite l'île Ometepe et les
îles Solentiname. De nombreux bateaux, pas toujours d'une première jeunesse, y circulent sur une eau qui peut parfois être un peu agitée. Au delà des navettes publiques (très économiques), il existe aussi des bateaux‑taxis bien plus chers à affréter pour une traversée ou à la journée.
L'île est reliée au plus simple au départ de San Jorge/Rivas avec plusieurs traversées quotidiennes. Il en coûte dans les 2 US$ le trajet pour faire les 10 km à destination de Moyogalpa ou San Jose del Sur. Deux fois par semaine des ferries partent aussi de
Granada (nord‑ouest du lac) ou de
San Carlos (sud‑est) à destination de l'île pour une traversée (très peu chère) de plusieurs heures.
Ce petit archipel tranquille face à San Carlos n'est accessible que par bateau depuis cette ville avec au choix une navette publique bi‑hebdomadaire (env. 2 US$ le trajet) ou des embarcations privées à affréter sur demande.
Divers types de bateaux privés ou publics font du cabotage d'une extrémité à l'autre du littoral. Du nord ou sud on peut ainsi relier pour l'essentiel Puerto Cabeza, Pearl Lagoon, El Rama, Bluefields, San Juan del Norte et peut‑être même un de ces jours le Costa Rica voisin (Tortuguero) comme cela est en projet.
Ou Corn Islands. Deux îles au large des côtes accessibles depuis le port fluvial d'El Rama et surtout
Bluefields pour environ 7 US$ le trajet mini à partir de ce dernier.
Sur la plupart des rios du pays circulent des embarcations publiques ou privées en tous genres. Souvent ce sont d'ailleurs les seuls moyens de locomotion existant. Parmi les "classiques" qu'on peut faire facilement on retrouve le passage Nicaragua (San Carlos) - Costa Rica (Los Chiles) et la descente du
Rio San Juan de San Carlos jusqu'à El Castillo ou même San Juan del Norte sur la côte Caraïbes.