Vu l'itinéraire, il aurait été judicieux d'arriver à Osaka et non Tokyo. Se taper du train pour aller à Kyoto après 13 heures de vol, il faut le vouloir quand même (à moins que tu n'arrive du Cambodge ?)...
Sinon, avec un vol qui arrive et repars à Tokyo, commencer par découvrir Tokyo quelques jours puis y terminer son séjour est aussi une bonne manière pour avoir une bonne vision de Tokyo (avec les yeux de la découverte du pays, puis en y étant un peu familiarisé).
Par ailleurs, avec une arrivée à Tokyo et un départ immédiat pour Kyoto (en maintenant ce départ immédiat), la bonne solution aurait été de prendre un vol domestique au bout de ton Paris-Tokyo. Ce genre de vol au bout du long courrier ne coûte en général presque rien, tu gagnes du temps et là, en l'occurrence, tu économisais un JR Pass.
Je suggère de rester 4 jours à Kyoto et de faire l'impasse sur Osaka. Trois jours sur Kyoto, c'est très court. Ou en tout cas, si tu maintiens Osaka, de ne pas remettre Kyoto après deux jours à Osaka, il faut déplacer ce dernier jour à Kyoto et le regrouper avec les autres. Pourquoi ce dernier retour à Kyoto, en trimballant tes bagages à chaque fois ?
Ce voyage est assez court, perso, je m'en tiendrais à Tokyo et Kyoto (avec éventuellement Nara, faisable depuis Kyoto de toute façon).
Après, à partir du moment où tous les logements sont bookés, je ne vois pas trop l'intérêt de venir demander des avis...
Ton programme à Tokyo n'a pas grand sens mais tu l'adapteras une fois sur place : Harajuku n'est "marrant" que le dimanche après-midi, et en moins d'une heure en trainant, c'est emballé. Je doute aussi que tu restes une pleine journée à Hakihabara ou à Asakusa. Mais la découverte de Tokyo, ce sont aussi de longues balades à pied entre les différents quartiers...
Tu as en outre oublié de nombreux quartiers qui valent le coup : Ginza-Shimbashi, Ikebukuro, Iidabashi, Jimbocho, Roppongi pour ne citer qu'eux.
Pour les conseils restos, tu verras sur place que ça n'a pas de sens. Il y en a absolument partout et il faut y aller au feeling. Te faire recommander une adresse que tu mettras des heures à trouver (il faut déjà comprendre commence fonctionne le système d'adresses à Tokyo, avec la plupart de rues sans noms...), tout en passant devant d'autres restos qui valent sans doute autant le coup n'est pas forcément judicieux...