Les parcs et réserves naturelles occupent environ 15% du territoire péruvien et même beaucoup plus si on ajoute la partie de la forêt amazonienne non classée. Parmi les sites protégés les plus intéressants au niveau touristique:

•	Parc national de Huascaran: ce superbe parc de la Cordillère Blanche abrite le Huascaran qui est la sommet du pays (6 768 m). On peut y pratiquer la randonnée et l'escalade.

•	Parc national de Manu: classé à l'Unesco, ce vaste parc amazonien possède une faune et une flore des plus riches et variées.

•	Réserve de Pacaya-Samiria: proche d'Iquitos, c'est une des aires protégées les plus grandes du Pérou. Elle est très riche au niveau faune et flore.

•	Réserve nationale de Paracas: dans une zone désertique, face au Pacifique, cette superbe réserve maritime qu'on visite en bateau accueille nombre d'oiseaux, des dauphins, des tortues, des otaries. On y voit également un géoglyphe géant de 120 mètres ("Tres Cruces").

•	Réserve nationale de San Fernando: sur la côte, près de Nazca, cette réserve aux superbes paysages abrite des colonies d'oiseaux, de pingouins et de lions de mer.

•	Réserve de Tambopata-Candamo: au sud‑est du pays, limitrophe de la Bolivie. On y découvre la forêt et sa faune. On peut également y faire du raft sur le Rio Tambopata.