La location d'un véhicule n'est pas vraiment l'idéal à cause des distances, l'état de certaines routes ou encore la conduite locale qui demande quelque prudence et habitude. Autant utiliser les transports en commun (bus ou même avion pour les longs trajets) quitte ensuite à affréter un taxi à la journée selon ses besoins de visites et déplacements. Au final, cela reviendra en plus moins cher car il faut compter en gros l'équivalent de 30 à 35 €/jour pour un véhicule standard. Un permis international est théoriquement demandé mais n'est que très rarement demandé.

Le pays dispose d'un vaste réseau de bus qui relie la plupart des communes hors Amazonie où là c'est souvent la rivière qui remplace la route. Il existe de nombreuses compagnies locales ou nationales plus ou moins confortables et plus ou moins rapides (cf. réseaux, horaires et tarifs); le mieux étant évidemment sur les grands axes où il n'y a que peu d'arrêts en route pour un service plus "haut de gamme" avec possibilité de sièges couchettes, wc, wifi, etc. Parmi les transporteurs les plus connus et utilisés par les voyageurs Cruz del Sur et Ormeno dominent. Également, la compagnie Peru Hop qui fonctionne comme les "shuttles" sur l'axe Lima‑Arequipa‑Cusco pour un public voyageur essentiellement anglo‑saxon à des prix très largement au dessus de la moyenne.En général les bus sont sûrs, pas très chers même si les variations sont grandes selon les conditions de voyage, et représentent un excellent moyen de locomotion dans le pays y compris à la limite pour de longs trajets avec des autocars équipés en conséquence. Comptez en gros l'équivalent de 3 à 5 € les 100 km pour les principales compagnies "touristiques" (hormis Cruz del Sur la meilleure et la plus chère). Quant à "l'équipement" à prévoir, prenez toujours au moins une petite laine contre la clim si elle existe et surtout l'altitude, ainsi qu'un masque anti‑lumière et des boules Quiès pour les trajets nocturnes.Dans les grandes villes ou pour les grandes compagnies, l'accès aux bus est limité aux porteurs de billet et les bagages sont enregistrés à un comptoir; c'est la compagnie qui gère la prise en charge. Autrement, il faut s'assurer soi‑même que ses bagages sont bien chargés et garder un oeil en permanence sur ceux‑ci. Même si ce n'est pas une obligation, il peut être préférable d'acheter son billet à l'avance.Qu'il s'agisse de voitures ou de minibus, on les retrouve dans les villes ou pour circuler à leurs périphéries. Ils partent quand ils sont pleins, s'arrêtent à la demande, et roulent sur des itinéraires prédéfinis sur de courtes ou moyennes distances. Ils restent pratiques et économiques sur ces trajets; juste un peu plus chers que les bus locaux.Comme dans d'autres pays andins, les camions ou pick‑up peuvent servir parfois d'alternative aux bus. C'est plus ou moins payant (moins cher que le bus) et on voyage selon la place en cabine ou à l'arrière. Pour les touristes, c'est quand même plus une "expérience" ou une solution pour palier un manque d'autres transports qu'un mode de locomotion à envisager pour circuler dans le pays.

Comme dans les autres pays de la région, le vélo est loin d'être l'idéal pour voyager (dénivelés, altitude, climat, circulation...) et s'adresse avant tout aux plus motivés. Ou alors très localement pour faire une balade.

C'est dans les zones peu ou mal desservies par les transports que le stop est pratiqué (souvent de façon payante) notamment auprès des camions et pick‑up. Donc, rien n'empêche d'essayer à l'occasion même s'il faut faire attention et que le prix plus que modique des transports n'oblige en rien de circuler dans le pays de la sorte.

Il n'existe que trois lignes de trains au Pérou, dont la vocation est purement touristique avec des prix en conséquence qui d'ailleurs frôlent l'escroquerie pour certains!De la capitale aux Andes avec des paysages grandioses et des passages en haute altitude (jusqu'à 4 718 m) qui en font la seconde ligne la plus haute au monde; la première étant au Tibet. La liaison est gérée par le Ferrocarril Central Andino pour quelques rotations aux dates prédéfinies et aux prix mini d'environ 45 US$ le trajet.C'est une ligne Perurail. Elle relie trois ou quatre fois par semaine les deux villes en 12 heures et à des prix exorbitants... plus de 150 US$ l'aller‑simple!C'est la ligne la plus connue du pays car elle permet de se rendre au Machu Picchu au départ de Cusco (bus + train en 4 heures) ou au plus court depuis Ollantaytambo (2 heures train). Comptez au mieux 80 US$ le trajet depuis Cusco ou une cinquantaine depuis Ollan. Même si les trains sont relativement nombreux, surtout en saison, il est préférable de réserver sa place avant surtout si on espère bénéficier des meilleurs prix qui fluctuent pas mal selon les trains et horaires. C'est aussi une ligne Perurail, même s'il existe un autre opérateur, Inca Rail, présent sur Ollantaytambo‑Machu Picchu.

En plus du lac Titicaca, c'est évidemment en Amazonie que le bateau, ou plus simplement la pirogue, est omniprésent car, avec localement l'avion, c'est généralement le seul moyen de locomotion entre villages. En pratique, ces embarcations fonctionnent aussi bien sur le même principe que les bus avec (plus ou moins) des horaires et des dessertes définis, ou alors s'affrètent à la demande. Dans tous les cas, ou tout du moins pour les plus petits bateaux ou pirogues, prévoyez de quoi vous protéger du soleil et des moustiques de même que d'emballer vos affaires. Et pour les cargos qui nécessitent plusieurs jours de navigation, un hamac peut être plus qu'utile.La grande ville de l'Amazonie péruvienne, Iquitos et ses 450 000 habitants, n'est accessible que par air ou par rivières. De fait, elle dispose de liaisons régulières nombreuses aussi bien vers d'autres lieux au Pérou que vers les pays voisins.

•	de/vers Francisco de Orellana et l'Équateur: il s'agit de plus de 1 100 km sur le rio Napo qui se font en 8 jours. Il y a généralement 3 bateaux par mois qui font la liaison.

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de/vers Leticia (Colombie) / Tabatinga (Brésil): en descendant l'Amazone au départ d'Iquitos on arrive à la frontière Pérou‑Colombie‑Brésil où sont située les villes de Leticia et Tabatinga. Le trajet peut se faire plusieurs fois par semaine en 3 jours par cargo ou une dizaine d'heures en speedboat. De cette frontière, on peut ensuite continuer la descente de l'Amazone jusqu'à son embouchure et Belem.

•	de/vers Pucallpa: un cargo quotidien relie les deux villes en quatre jours

•	de/vers Yurimaguas : un cargo quotidien fait la jonction entre Iquitos et Yurimaguas (d'où partent ensuite des bus). Le trajet nécessite deux à trois jours.

Le réseau aérien est bien développé au Pérou et est d'ailleurs pas mal utilisé par les voyageurs, ne serait‑ce que pour profiter du panorama sur les Andes ou se rendre à Iquitos qui n'est pas accessible par voie terrestre.Compte tenu des grandes distances et du terrain accidenté, l'avion reste donc très pratique, facile d'emploi avec des prix assez abordables. On peut ainsi arriver à trouver des premiers prix aux alentours de 100 US$ le trajet pour faire un Lima‑Iquitos, Arequipa ou Cusco et même parfois moins lors "d'aller‑retour promotionnels" à voir directement auprès des compagnies. Seul inconvénient, comme souvent, la plupart des vols directs sont axés sur la capitale, et une liaison entre deux villes de province nécessitera donc généralement un changement à Lima.

•	Avianca Peru: filiale des colombiens d'Avianca, la compagnie une dizaine d'aéroports au niveau domestique.

•	Cielos del Oriente: une petite compagnie qui travaille uniquement au niveau de l'Amazonie péruvienne.

•	LAN Peru: c'est la filiale locale des chiliens de LAN. Elle opère sur 21 destinations internationales et 14 domestiques.

•	LC Peru: un réseau intérieur au départ de Lima pour une dizaine d'aéroports.

•	Peruvian Airlines: La Paz plus 7 ou 8 villes péruviennes au programme.

•	Star Peru: uniquement du vol intérieur pour moins d'une dizaine de villes.

Il existe en plus quelques autres compagnies, souvent assez petites, spécialisées dans le charter, l'avion‑taxi ou le survol touristique comme Aerodiana avec les lignes de Nazca.

Les taxis péruviens n'ont généralement pas de taximètre, ce qui nécessite de se mettre d'accord sur le prix avant une course. Dans tous les cas et encore plus de nuit, il est préférable pour raison de sécurité d'utiliser les véhicules officiels et bien identifiés ou ceux qu'ont peut réserver par téléphone par exemple depuis son hôtel.De façon générale, les prix des taxis ne sont pas excessifs et on peut tabler pour un trajet urbain de jour à l'équivalent de 1 € (petite course) à 4 € (longue course). Comme dans beaucoup de pays, les taxis peuvent également s'affréter par exemple à l'heure ou la journée pour les besoins d'une visite; au final cela coûte généralement moins cher qu'une location de voiture avec en prime les "soucis" en moins.Les villes d'une certaine importance disposent généralement d'un réseau de bus/minibus urbains. S'ils sont réellement économiques (moins de 0,50 € le trajet), ils sont aussi souvent bondés, inconfortables, pas vraiment rapides et pas toujours faciles d'utilisation pour trouver le bon itinéraire. Accessoirement, à certains endroits, il existe aussi des moto‑taxi ou même des rickshaws comme à Iquitos. Quant à Lima, la ville possède également une ligne de métro.

Le bus demeure le moyen de locomotion le plus pratique pour découvrir le Pérou, surtout si on privilégie les compagnies haut de gamme notamment lors des trajets de nuit. Cela dit, d'autres modes offrent aussi quelques intérêts comme l'avion pour de beaux panoramas des Andes et le bateau en région amazonienne où il n'y a d'ailleurs pas trop le choix. Bref, on pourra choisir de circuler essentiellement en bus tout en se faisant un petit plaisir en avion, voire à l'occasion en affrétant un véhicule pour les besoins d'une visite hors sentiers battus.

Distances (km) entre les principales villes du pays: