Pour ce qui est de se déplacer au Japon, les transports en commun permettent de joindre pratiquement tous les sites touristiques.
Par exemple, autour de Nagano, si on veut aller voir les singes à Jigokudani, on prend le train jusqu'à Yamanouchi puis un bus jusqu'à Kanbayashi onsen, à 25 minutes de marche du monkey park.
Mais personnellement, je vous conseille de louer une voiture durant votre séjour à Nagano. Cela vous donnera plus de possibilités de déplacement.
Pour ce qui est de Kyoto, la ville est dotée d'un réseau de bus au maillage assez fin.
Mais le trafic est souvent important et on perd vitre du temps dans les embouteillages.
Dans votre cas, le taxi n'est pas à écarter car avec le prix de 5 billets de bus (1 100 JPY) vous pouvez prendre un taxi sur environ 7 à 8 Kms.
Ce que nous faisons souvent alors que nous ne sommes que 3: on prend le métro, même si il n'y a que deux lignes, pour m'approcher au plus près du lieu de visite et ensuite un taxi.
Mes 25 ans de séjours au japon!
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Okinawa et Miyakojima: https://voyageforum.com/v.f?post=6477376;idl3=9084144203&idl=3731943&idl2=8709057
Sakura: Balade de printemps: https://voyageforum.com/v.f?post=6988760;idl3=9084144203&idl=3731943&idl2=8709057