Pour répondre à votre question nous aimons les villes bien sûr mais nous n'y sommes jamais restés aussi longtemps. Plutôt 6/7 jours max.
Oui, mais une semaine dans une ville, ça donne au moins 2 ou 3 semaines à Tokyo, qui est quand même la plus grande agglomération du monde avec près de 40 millions d'habitants. Alors 9 jours, aucun problème !
Quant à Kyoto ça semblait incontournable, et puis une ville vraiment différente de Tokyo, que l'on peut visiter à vélo !
Rien n'est incontournable.
Visiter Kyoto en plus de Tokyo est une bonne façon de découvrir le Japon, mais en 9 jours, je le déconseillerais, notamment à cause des 2 demi-journées de trajet, sans compter effectivement le prix de l'A/R, assez élevé.
C'est sûr que ça fait pas envie de l'écarter. Mais vous ne verrez pas non plus Hiroshima, Sapporo, Fukuoka ou Nagasaki...
Cela dit, ça reste faisable, mais, AMHA, ce serait dommage.
Quand vous dites : retour sur Tokyo en faisant une halte à Yokohama pour visiter le quartier chinois et celui de Minato Mirai sur le port...
C'est sur le trajet du retour avant Tokyo ? Comment y aller ?
Yokohama est sur le trajet retour.
(aller aussi bien sûr)
Mais en passant la nuit à Enoshima, se pose le problème des bagages pour visiter Kamakura à l'aller et Yokohama au retour. Il est malgré tout possible de voyager très léger en laissant le gros des bagages à l'hôtel comme l'a rappelé Fuchan, et de mettre les bagages de l'excursion dans les consignes de chaque gare.
Mais Enoshima, Kamakura ou Yokohama sont visitables dans la journée depuis Tokyo (pas forcément les trois ensemble), comme Takaosan, Kawagoe ou même Nikko et Fujisan. Mais il est préférable de visiter
les deux derniers en y passant une nuit sur place.
Pour les dates vous me dites que c'est la golden week à partir du 25 avril, ce qui veut dire que l'hôtel à Tokyo doit être réservé rapidement ?
Sans plus, puisque la capitale nippone se vide pendant la GW. Ce sera peut-être plus délicat pour le ryokan.
Un mot sur les onsen. À Tokyo même, il existe des hôtels avec onsen, ou du moins bains chauds, et même rotemburo.
Sinon, également à Tokyo, un petit tour à Oedo Onsen Monogatari ou Spa LaQua permet de faire une immersion, au sens propre (!) comme au sens figuré, dans le monde magique des onsens, même si on est plus proche du parc d'attraction que de la baignoire de grand-mère...