Le forum est toujours aussi chaud entre les partisans du "Tokyo++" et ceux qui trouvent que le Japon est aussi un pays et non seulement une ville... Je ne prendrai pas parti, je vais me contenter de répondre aux questions, avec quelques conseils.
Il n'y a pas d'abonnement intéressant pour Tokyo.
Les pass d'une journée sont assez chers et ne permettent pas une utilisation globale du réseau de transport en commun.
A Tokyo, on passe souvent du réseau ferré (JR ou lignes privées) au métro (2 compagnies: Tokyo métro et Toei), sans compter le bus (que je ne prends jamais: en surface, je marche).
Il existe une carte prépayée qui permet de ne pas chercher sa monnaie, de se poser des questions devant les distributeurs pour savoir le prix à payer à chaque gare de métro ou de train. Je fais partie des "certains" qui l'ont toujours en poche et la trouvent très pratique. J'en ai même une labellisée Tokyo (SUICA) et son alter-ego pour le Kansai (ICOCA). Cela date du temps ou elles n'étaient pas interconnectées.
Si je peux donner un conseil sans m'attirer les foudres des pro et anti "Tokyo++", restez à Tokyo le temps de faire les visites que vous avez programmé et faites vos excursions à la journée en revenant dormir au même endroit. Par exemple, essayez de vous lever tôt pour aller à Nikko, il est possible de visiter une bonne partie des temples du site dans la journée et de rentrer le soir sur Tokyo. Idem pour Hakone, à moins que vous ayez programmé une nuit dans un ryokan avec onsen.
Yokohama est intéressant pour visiter Minato Mirail: montez à Landmark Tower, les anciens docks: tout pour vos achats, Osanbashi: le terminal maritime, Chukagai: le quartier chinois... C'est quand même la deuxième ville du Japon, ce n'est pas rien. En plus, c'est à 30 minutes de Tokyo.
Kawasaki... personnellement, je ne connais qu'un quartier résidentiel ou on fait la fête chez une amie et le village musée en plein air Mihon Mikaen (très intéressant).
Au total, cela fera 6 ou 7 jours dans le Kanto et vous pourrez passer toutes vos nuit à Tokyo.
Ensuite, le Kansai... Compte tenu que vous voulez aller à Koyasan (nuit au temple?) allez-y par Osaka, c'est plus simple. Si vous n'y passez pas la nuit, vous pourrez profiter de la chaleur de la nuit de Osaka, ambiance garantie. Deux jours à Osaka seront suffisants pour bien sentir la différence avec Tokyo.
Nara n'est pas incontournable, mais si vous voulez voir le Daibutsu, faites le au départ de Osaka et ensuite allez sur Kyoto en une journée.
Si vous voulez avoir un aperçu des sites les plus significatifs de Kyoto, il faut y rester au moins trois jours.
Hiroshima se visite dans la journée (si on reste superficiel, bien sur). La nuit à Miyajima est incontournable. On est vraiment tranquille quand les "touristes" sont partis. Je conseille de se lever tôt le lendemain pour aller au mont misen au petit jour...
Ensuite, tout dépend de l'heure de votre avion.
Compte tenu que Tokyo ne se visite pas avec le JR pass, que Koyasan est relié par une ligne privée, que Nara est plus facilement accessible par les lignes privées de osaka ou de Kyoto que par JR, (et de toute façon, ce n'est pas cher), il n'est pas rentable de prendre un JR Pass, même de 7 jours.
Mes 25 ans de séjours au japon!
http://www.soleilrouge.org/
Okinawa et Miyakojima: https://voyageforum.com/v.f?post=6477376;idl3=9084144203&idl=3731943&idl2=8709057
Sakura: Balade de printemps: https://voyageforum.com/v.f?post=6988760;idl3=9084144203&idl=3731943&idl2=8709057
