Aucun problème...
En sortant de l'aéroport, avant de prendre le train pour
Tokyo (la ville), il y a un bureau JR où tu peux échanger ton JR Pass et réserver tes billets de train pour les jours suivants (tout le voyage, si tu veux). Impossible à rater, y a une bonne partie de l'avion qui y va...
Mais pourquoi ne pas faire commencer ton JR Pass tout de suite pour que le N'Ex pour Shinjuku soit compris dedans ?
Et au passage, tu n'aurais pas été obligé d'aller à
Tokyo (la gare), tu peux aller dans n'importe quel bureau JR, et il y en a dans toutes les gares...