Bonjour,
En réponse à vos questions, la traversée entre Isabela et Santa Cruz dure environ 2h30, cela peut être moins, tout dépend de l'état de la mer.
Il y a une ligne régulière quotidienne entre les 2 îles, avec seulement une traversée par jour dans chaque sens.
De Santa cruz à Isabela, le bateau part à 14h. Dans le sens contraire, il part à 6h du matin, ce qui laisse normalement tout le temps d'arriver pour prendre une croisière, je l'ai fait récemment d'ailleurs (mais vérifiez tout de même d'où elle part et à quelle heure).
Vous pouvez faire le séjour avant ou après, peu importe, cela dépendra peut être du bateau que vous trouverez...
Je suis d'accord avec Cyrille, Isabela est superbe et offre pas mal de possibilités, c'est une expérience différente de la croisière.
Si vous voulez des idées, vous pouvez consulter les itinéraires des circuits proposés par viventura (httpviventura.fr).
Alors, bonne préparation de voyage !