Ca va être un peu compliqué :)
En fait, vous allez être mariés par les autorités japonaises, mais en ayant fait les démarches nécessaires pour un mariage franco-étranger (capacité à mariage etc... au consulat), un mariage philippo étranger (je ne connais pas), et un mariage japonais.
La première chose est de prendre contact avec le consulat pour les formalités nécessaires pour la capacité à mariage.
Pour le reste, c'est normalement le consulat qui pourrait vous renseigner, mais les sites des consulats anglais sont beaucoup plus riches en informations pratiques pour les formalités.
Il faut faire la même démarche pour le consulat philippin.
Et aller demander à la mairie japonaise ce dont ils ont besoin.