Le train pour
Kyoto se prend à la gare centrale de
Tokyo ou à celle de Shinagawa (la plus logique en fait, quand on loge à Shinjuku).
Pour le
Fuji, pourquoi ne pas plutôt prévoir un stop entre
Kyoto et
Tokyo ? Ce serait plus logique...
Sinon depuis
Tokyo, ça se fait sans problème soi-même, en visant
Hakone... Y aller sur une journée présente toutefois peu d'intérêt. Tu n'iras quand même pas juste à côté et juste voir le
Fuji et rentrer, c'est un peu dire "bon ça j'ai fait", mais l'intérêt c'est de découvrir un peu la région et de le voir sous différents points de vue et différents éclairages (le plus bel éclairage étant le coucher de soleil). Vu la durée de ton séjour, je pense que cette étape n'est pas un incontournable (tu pourras toujours l'apercevoir dans le train...).
Pour ton programme tant sur
Kyoto que
Tokyo, je te suggère de faire une liste de ce que tu veux absolument voir, sans pour autant établir un programme précis jour par jour... Ces deux villes se découvrent au gré de leurs balades, pas en allant d'un point à un autre en métro ou train pour voir un monument ou un quartier précis.