Immense et peu peuplé, le pays offre aux visiteurs près de la moitié de son territoire en zones protégées ou naturelles, qu'il s'agisse de ses trois parcs nationaux, de réserves privées et publiques ou de sites divers et variés. Ceux‑ci étant gérés par le Department of Wildlife and National Parks (DWNP) pour ce qui est des sites publics.Au delà de la savane "herbeuse" ou "arborée", on découvre en matière de paysages de vastes étendues désertiques avec le Kalahari et le moins connu Makgadikgadi, plus surtout un site unique en son genre qui est le delta de l'Okavango avec ses marais. C'est cet ensemble qui représente l'intérêt touristique principal du pays avec une faune très riche et facilement visible lors de safaris.Parmi les parcs et autres sites naturels les plus appréciés des visiteurs:

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Réserve du Kalahari central: c'est la seconde plus grande réserve au monde. Située dans le Kalahari elle abrite un très grand nombre d'espèces animales (lions, girafes, buffles...). C'est aussi l'habitat traditionnel des populations Bochiman. Dans sa partie sud, le petit parc de Khutse lui est contigü.

•	Parc national de Chobe: ce vaste parc est un incontournable de tout voyage au Botswana. On y croise en effet toute la faune africaine (dont plus de 50 000 éléphants!) dans de très beaux paysages.

•	Delta de l'Okavango: c'est le plus grand delta intérieur au monde et un paysage marécageux unique qu'on peut découvrir sur de petites embarcations ou en avion. Il abrite une importante variété d'animaux dont de nombreuses espèces d'oiseaux. Le site est inscrit à l'Unesco depuis seulement 2014.

•	Parc transfrontalier de Kgalagadi: un des trois parcs situés dans le Kalahari, à cheval entre l'Afrique du Sud et le Botswana. On y trouve différents fauves, gazelles et nombre d'espèces d'oiseaux.

•	Réserve du Khama Rhino Sanctuary: au nord de la ville de Serowe, une réserve créée pour la protection des rhinocéros.

•	Parc national Makgadikgadi & Nxai Pans: immense désert de sel dans la partie nord du Botswana avec de superbes paysages et localement des troupeaux de zèbres ou de flamants roses.

•	Réserve naturelle Mokolodi: à la périphérie de Gaborone, la petite réserve abrite nombre d'espèces africaines (rhinos, éléphants, girafes, zèbres, oiseaux, reptiles...).

•	Réserve de Manyelanong: petite réserve à la frontière sud‑africaine, au sud de Gaborone.

•	Réserve de Moremi: ce parc situé dans la partie Est de l'Okavango est limitrophe du Chobe. Il est très riche au niveau de la faune (lions, éléphants, buffles, oiseaux...). Il se visite aussi bien en 4x4 qu'à pied ou en petites embarcations.

•	Réserve ornithologique de Nata: une réserve "spécialisée" dans les oiseaux située dans le nord‑est du pays.

•	Réserve de Tuli: cette réserve privée accueille nombre d'éléphants (et autres mammifères), plus des oiseaux.