Comme dans de nombreux pays, il existe deux catégories de bus avec les "basiques" qui sont de loin les plus économiques mais lents, et les "express" ou assimilés qui offrent un meilleur service pour un peu plus cher. Aussi bien les uns que les autres circulent ou partent plutôt le matin.

Pour des raisons de sécurité, le stop est à éviter. De plus, celui‑ci est généralement payant (tarif bus) et les transports en commun ne coûtent pas chers.

Il n'y pas de lignes passagers dans le pays.

La principale desserte concerne l'accès au Islas de la Bahia depuis le continent. On trouve ainsi un service régulier bi‑quotidien entre La Ceiba et Utila (60 minutes; 50 US$ A/R avec le Utila Princess) et Roatan (80 minutes; 65 US$ A/R avec le Galaxy Wave). À noter qu'il n'y a par contre plus de ligne régulière entre Utila et Roatan et qu'il faut donc soit retransiter par La Ceiba, chartériser une embarcation ou bien prendre l'avion pour joindre les deux. Quant à la troisième grande île de la Bahia, Guanaja, celle‑ci n'est accessible que par air.

Le Honduras dispose d'un petit réseau domestique qui pour l'essentiel inclut les aéroports de Tegucigalpa, San Pedro Sula, Roatan, La Ceiba et accessoirement Utila et Puerto Lempira. Assez logiquement, c'est la côte Caraïbes et ses îles qui sont donc les plus concernées. Les vols sont assurés par les diverses petites compagnies du pays (cf. liste), à des tarifs relativement abordables. Comptez ainsi entre 50 et 100 US$ le trajet entre la côte (San Pedro ou La Ceiba) et Roatan dans les Islas de la Bahia.

En dehors des taxis "reconnus", les autres modes de locomotion sont à éviter dans les villes pour des questions de sécurité. Donc, pas de bus ou assimilés et encore moins de marche à pied sur une certaine distance.

Distances (km) entre les principales villes du pays: