Les Galapagos, ou plutôt les îles Baltra et San Cristobal, ne sont accessibles qu'au départ de l'Équateur continental avec des vols depuis Quito ou Guyaquil opérés par les trois compagnies que sont Avianca Ecuador, Lan Ecuador et TAME.Si de façon générale les vols intérieurs dans le pays ne sont pas très onéreux, il n'en va pas de même pour l'accès aux Galapagos qui au contraire revient cher aux visiteurs étrangers qui ont une majoration comparé aux nationaux. Sur cette ligne, comptez au mieux dans les 200 US$ par sens (pour 1h30 à 2h00 de vol) vu qu'en plus les voyagistes locaux bloquent régulièrement des stocks de sièges pour leur clientèle rendant ainsi difficile l'obtention de bon prix pour les voyageurs individuels. À noter, qu'en principe, les étudiants peuvent espérer une réduction.Sur Baltra. C'est le principal point d'accès aérien à l'archipel avec presque 1 million de passagers/an dont l'origine remonte à la seconde guerre mondiale lorsqu'il était utilisé par l'aviation américaine. L'aéroport est situé sur l'île inhabitée de Baltra, mitoyenne de Santa Cruz (la plus peuplée), qui est la seule à ne pas faire partie du parc national des Galapagos.Sur l'île San Cristobal. C'est le second aéroport de l'archipel ouvert en 1986 pour des questions de commodités car directement à proximité de Puerto Baquerizo Moreno qui est la "capitale" des Galapagos.