Bonjour,
En ce qui concerne la foule japonaise dans les temples, ça ne me gène pas (sauf les queues pour entrer...) car si le culte n'est pas le but initial de la visite pour ces touristes, tant que les comportements sont adaptés aux lieux (tenue vestimentaire, ton de voix, pas de canettes de bière par terre, pas de cris de "ralliement" avec drapeaux et pancartes comme dans les gares, etc.), je parviens à m'"extraire" et, au contraire, ça anime le lieu ! De plus, vous dîtes "surtout pour les plus vénérés"... donc il y a une dimension spirituelle qui préside à la visite et ça, c'est plutôt intéressant de voir ce qui subsiste de spirituel dans une société qui présente un mode de vie et des créations parmi les plus novatrices et High Tech au monde.
Dans cette optique, à Tokyo (et ailleurs aussi), essayez de visiter des temples comme Asakusa Kannon, Tsukiji Honganji, ou des sanctuaires comme Meiji-Jingu et Togo-shrine les jours de fêtes votives, de festival ou de marché aux puces (qui se recoupent souvent d'ailleurs). Si architecturalement, à part le Meiji-Jingu, il s'agit de reconstructions relativement récentes et d'un "certain" goût (surtout le Tsukiji-honganji, surprise assurée), le comportement des fidèles est en effet intéressant. Je ne vous garantis certainement pas la sérénité, mais l'intérêt oui.
Pour Nijo, oui, c'est noté, j'ai compté au-moins 5 jours sur place à Kyoto, cela me parait le minimum du minimum, qu'en pensez-vous ?
Près de 30 ans que j'y retourne encore et encore, et je n'ai pas tout vu ... Un complexe de temples à visiter, qui est moins souvent recommandé que les autres et où il y a moyen de loger est le Myoshin-ji. Compter une grosse demi-journée, en général assez calme (souvenir d'un moment dans un superbe jardin au son du cours de musique d'une classe enfantine de l'autre côté du mur...). Le 12 de chaque mois, marché aux puces et rituels dans le charmant Myoren-ji, le 15 marché artisanal et rituels intéressants au Chion-ji, le 21 grand marché aux puces, rituels et ouverture de salles contenant des oeuvres d'art très intéressantes au To-ji, le 25 idem au sanctuaire Kitano-Tenmangu. Ces dates correspondent à la naissance ou la mort de moines fondateurs des ordres en question et les fidèles vont autant y flâner dans l'espoir d'une bonne affaire que pour y faire leurs dévotions, y chercher une amulette votive, prier pour un défunt, faire bénir une ouverture de commerce, etc.