Tout cela est très subjectif.
Par exemple, le musée Ghibli est situé à Mitaka, une agréable banlieue de Tokyo. C'est très japonais et les reconstitutions des décors des films de Miyazaki sont vraiment bien faites. En plus, il y a un extrait inédit de Totoro. Pour moi, c'est à voir. Mais pas pour toi ^^
Alors, Nikko, c'est pareil, c'est subjectif.
Perso, se lever aux aurores et se taper 4 heures de train pour y aller, en sachant que tu vas à Kyoto par la suite, ça ne me ferait vraiment pas envie.
En revanche, visiter les temples le matin à l'ouverture après y avoir passé la nuit (à Nikko, pas dans les temples) reste un de mes meilleurs souvenirs du Japon.