Comme il faut de tout pour faire un monde, j'ai passé 3 nuits à
Matsumoto et une seule à
Takayama 
Ce serait à refaire, je ne changerai rien.
Matsumoto est une ville très agréable et son célèbre château est accessible à n'importe quelle heure, ce qui en fait un point de passage et de repassage.
La rando Magome-Tsumago prend déja une journée. Sinon, outre les promenades en ville, il y a bien sûr la ferme de wasabi, mais aussi le superbe musée consacré à la dessinatrice pour enfants, Chihiro. On peut le combiner avec le wasabi (si j'ose dire), c'est sur la même ligne. On loue un vélo en face de la gare et c'est parti (avec le plan fourni) pour 2 km dans la campagne japonaise !
D'ailleurs, dans
Matsumoto même, il y a un musée hallucinant consacré à Yayoi Kusama, originaire de
Matsumoto, à l'extérieur (pas besoin de payer) duquel on trouve la même citrouille qu'à Naoshima, sans la mer, cela dit...
Il y a aussi la possibilité d'aller à
Nagano dans la journée, et même d'aller voir les snow monkeys.
Quant à
Takayama, une nuit et deux demi-journées m'ont suffi, je suis pas fan des maisons pointus, je n'ai pas de vulcains parmi mes ancêtres

De toute façon, il y aura toujours du monde pour vous dire que telle ou telle ville est sans intérêt, comme
Osaka,
Kobe ou
Hiroshima. Le mieux, c'est de faire ce que l'on a envie de faire. Cet été, je vais passer 3 nuits à Aizu-Wakamatsu, y en auront qui vont se demander ce que l'on peut bien y faire si longtemps...