Bonjour,
Pas facile de trouver des vols internes peu chers, et les trajets en bus, même si confortables, paraissent vraiment très longs.
Quelle serait la meilleure solution pour relier Peninsula del Valdes-
Ushuaia-
Torres del Paine-
El Calafate-El Chelten?
C'est un peu la quadrature du cercle, ton affaire ?!

Car tu sembles vouloir trouver une solution
miracle, qui puisse te permettre de parcourir :
- Plusieurs milliers de kilomètres !
(le trajet que tu as envisagé fait déjà 3300 Kms, sans compter l'aller/retour de Buenos Aires) - Avec un moyen de transport assez rapide (tu trouves beaucoup trop longs, les temps de trajet en bus) !
- Mais surtout...
peu cher ?!
Alors, il n'y a pas 36 solutions pour tenter de résoudre ton problème avec les données que tu nous as exposé !
Il n'en existe qu'une seule... celle de combiner entre eux, tous les moyens de transport possibles :
- L'avion, pour les très longues distances
- La voiture, pour effectuer de relativement courtes boucles autour d'une base-étape choisie
- Et le bus, pour relier deux étapes espacées d'une assez moyenne distance
Tout en espérant que tu puisses trouver une combinaison de moyens de transport dont le coût total puisse entrer dans ton budget prévisionnel de voyage !
Quelques points qu'il te faudra au préalable bien "intégrer", lors de la préparation de ton séjour en Argentine :
- Le pays est réellement immense (d'une superficie 4 à 5 fois supérieure à celle de la
France métropolitaine) !

- Louer un véhicule y revient encore assez cher (même en passant par de petits loueurs locaux) !
*Et ne compte surtout pas prévoir des frais d'abandon, car ils sont carrément exorbitants ! **
Par contre... éventuellement partager les frais de location avec un autre couple de voyageurs, pourra te faire considérablement baisser le coût en le divisant par deux (une intéressante option à ne pas négliger) ! 
- Les transports aériens intérieurs sont malheureusement devenus très chers !

- Les bus sont réellement
très confortables.
*Choisir l'option "semi-cama" de jour, et l'option "cama" (un véritable lit) de nuit, ce qui pourra de plus...
Te permettre d'économiser une nuit d'hôtel !- En jouant sur les "différents" taux de change...

privilégier (et partout) un règlement en espèces, peut permettre d'accroître ton pouvoir d'achat de voyageur, d'une manière non négligeable !

Et si malgré tout cela, tu exploses ton budget prévisionnel... il ne te restera alors plus qu'une dernière solution de secours : limiter au maximum tes déplacements, en privilégiant la visite d'une
seule et
unique région de ce pays (et si possible, pas trop éloignée de
Buenos Aires) !

*Une petite astuce qui te permettra de calculer tes temps de trajet routiers, d'une manière assez fine :
celle d'utiliser le site web "ruta0.com" (un peu l'équivalent Argentin du site Michelin) qui outre l'avantage de déjà te donner une foule d'intéressants renseignements, possède également celui de pouvoir te donner les coordonnées d'hôtels assez peu connus (et qui se trouvant être en dehors du circuit des grosses et immenses centrales de réservation, sont donc de ce fait... beaucoup moins chers) ! 
Bonne réflexion et bonne préparation...
Marco