Les principaux conseils avec références ont déjà été donnés par Eryk, je me contenterais de préciser en fonction de mon expérience personnelle.
Si vous devez rester à
Paris deux ou trois jours, pourquoi pas, mais attention aux billets d'avions si c'est juste un transfert (raisons expliqués par Eryk en cas de retard).
Les moyens de transports
Paris-
Prague. Je les ai tous fait.
Le pire : le train. Si on n'a pas un billet spécial, genre pass ou autre, c'est le plus cher ! En plus, sauf évolution qui aurait pu arriver depuis (je ne l'ai pas pris récemment

), le voyage est une horreur : départ le soir de
Paris, changement en
Allemagne au milieu de la nuit avec attente dans la gare, réveil par le contrôleur allemand, puis le tchèque. Et à l'époque (avant Schengen, ce qui sera solutionné en juin) : deux réveils supplémentaires par la douane.
J'ai du prendre le train, une fois, parce que j'avais raté mon bus. Pas deux fois !
Le bus. Avec Eurolines, voyage de nuit sans changement, 2 chauffeurs, arrêts toutes les 2 heures environ.
Prix corrects.
L'avion. Même si le bus est souvent moins cher, on peut avoir d'excellent tarifs en avion, y compris avec des compagnies classiques (Air France, CSA). Le tout est de s'y prendre à l'avance. L'aller-retour peut descendre en-dessous de 150 EUR et on a plus de chois dans les horaires. Même si on prend un billet AF, je conseille de choisir un avion CSA (sharing) : eux au moins, ils donnent à manger.
Liaisons
Prague-
Budapest ou
Prague-Vienne.
Vive le Pendolino. Ce n'est pas un TGV, mais c'est un train direct relativement rapide. Enfin pour un français qui connait le TGV, ça fait un peu rire, mais c'est plus rapide qu'un train classique.
Je le prends régulièrement sur la ligne
Prague-
Bratislava.
Pour
Budapest, il faut prendre un train plus lent ou faire un changement à
Bratislava.
Pour les transports en Europe centrale, j'utilise toujours le train. Les bus sont nombreux et moins chers, mais je trouve qu'un train, c'est beaucoup plus confortable.
Option confort : première classe, pas trop chère, pour avoir le confort et la tranquillité.
Option rencontres humaines : deuxième classe en compartiment. On fait des rencontres. C'est vrai que parler tchèque aide un peu, mais avec un sourire, on arrive à discuter facilement.
L'avion entre ces villes n'a pas d'intérêt : sauts de puces, on perd tout le temps gagné dans les aéroports.

Bon voyage !