Ton itinéraire est classique et globalement bien dosé même si, perso, j'enlèverais soit
Kamakura, soit
Hakone (voire même les deux). La région des lacs sans voiture, ça n'a pas de sens sur une seule journée. Il vaut mieux que tu y consacres plusieurs jours dans ce cas et que tu réduises ou supprime
Hakone et
Kamakura (en outre, la région des lacs et
Hakone ayant le même point d'intérêt d'origine, le
Fuji, c'est un peu redondant de conserver les deux).
5 jours sur
Tokyo sinon, c'est un strict minimum, la ville est vraiment immense et passionnante...
- Nous souhaitons également profiter des Onsens sachant que nous sommes tatoués et pas qu’un peu.

Globalement, tu peux faire une croix dessus alors. A moins d'aller dans un ryokan de luxe où tu pourras profiter de onsens privés.
Le but de ce voyage est d'en prendre plein les yeux et le ventre sachant que madame est végétarienne,
Ce ne sera pas simple, je te préviens... Surtout que tu ne sais pas toujours forcément ce que tu manges si tu ne connais pas trop la cuisine japonaise et que tu ne pratiques pas un peu le Japonais (et bien sûr au passage, en étant végétarien, on passe à côté de l'essentiel de la gastronomie japonaise).
la nature est ses feuilles rouges du mois d'octobre,
C'est carrément tôt là. Les feuilles rouges, c'est plutôt novembre, et même plutôt la deuxième quinzaine de novembre.