Bonjour,
je réserve toujours via ce site, qui demande le no de carte de crédit à titre de garantie en cas de "no-show" mais ne le communique pas aux hôtels ou ryokans eux-mêmes. On paie sur place soit au check-in, soit au check-out, selon les établissements (il m'est arrivé de payer une partie en cours de séjour, surtout si c'était à cheval sur 2 mois, ce qui est logique pour des raisons comptables), et le tarif annoncé par la centrale de réservation a toujours été scrupuleusement respecté.
Lorsque je me suis débrouillée toute seule pour réserver, je n'ai jamais eu à verser d'arrhes non plus, même lorsqu'on m'a demandé un no de carte.