Salut,
Pour la réponse claire :
Votre visa sera estampillé sur le passeport que vous présenterez au consulat et par conséquent, ce sera celui que vous devrez présenter aux frontières d'entrée et de sortie.
Pour la suite :
Notez que vous serez ressortissante de la nationalité que vous déclarerez et avec laquelle vous considérez voyager (en cas de pépin : prévoir la présence diplomatique sur place (ex.secours en alpinisme). Il se peut que l'un de vos consulats ne puisse rien faire pour vous si vous ne disposez pas d'un visa sur le passeport qui leur appartient.
A ma connaissance, le cas des nationalités multiples peut devenir complexe si il y a une incidence diplomatique avec l'une des nationalités non déclarée et le pays de visite ?
La déclaration des nationalités sert aussi aux statistiques pour mesurer les échanges touristiques, commerciaux...
On peut aussi faire une comparaison du coût des visas pour chacune des nationalités ?