Le climat de Comino est fortement influencé par la mer avec une certaine douceur à l'année et surtout un ensoleillement conséquent, y compris en hiver où le soleil brille en moyenne cinq ou six heures. Bref, il ne fait jamais froid en hiver (15°C en moyenne) même si le temps peut être un peu venté et pluvieux comme souvent en fin d'année. Quant à l'été, les brises marines atténuent les chaleurs notamment celles de juillet‑août qui sont les mois les plus chauds avec un thermomètre parfois au delà des 30 °C. C'est à partir d'avril‑mai que la mer commence à être agréable, et ce jusqu'à quasiment la deuxième moitié de l'automne. En hiver, même si la Méditerranée est loin d'être glaciale, les vents plutôt frais venus du nord rafraichissent d'autant les températures de l'air et de l'eau.