Malgré une taille plutôt conséquente, le pays ne possède que peu de routes notamment sur sa côte nord et à l'est vers le Darien. À la limite, on pourrait même dire qu'il n'y a qu'un axe principal, la Panaméricaine qui traverse tous le pays avant de s'arrêter quelques kilomètres avant la Colombie, avec juste quelques routes partant de celui‑ci vers la région limitrophe du Costa Rica, la péninsule d'Azuero ou le long du canal en direction de la ville de Colon. Et rien ou presque en dehors de cela.De façon générale, le réseau principal est plutôt bon et un peu moins ailleurs. De plus, en saison des pluies, certains axes secondaires peuvent être coupés suite à des inondations ou des glissements de terrain. Comme dans beaucoup de pays, le code de la route peut être parfois assez aléatoire pour certains conducteurs notamment à la capitale. Hors agglomérations, il vaut mieux éviter de circuler de nuit.
Sans être indispensable à la découverte du pays, la location de véhicule est une option que choisissent certains lorsqu'ils voyagent à plusieurs ou désirent une liberté totale. On peut louer, dès lors qu'on a au moins 23 ans, avec son permis de conduire national si la location est prévue pour moins de trois mois. Comme il existe pas mal de sociétés, il y a donc une certaine concurrence en matière de prix même s'il faut faire attention en plus aux assurances annexes, leurs garanties et franchises. Comptez en gros 30 à 40 US $/jour pour un premier prix et au moins le double pour un tout terrain.Au niveau pratique un 4x4 n'est guère utile si on ne compte pas faire de la piste, y compris en saison des pluies (quoique les avis divergent sur ce sujet...). Dans tous les cas, en matière de sécurité, il est plus que recommandé d'éviter de rouler de nuit et nécessaire d'utiliser les parkings gardés sans rien laisser à l'intérieur. Quant à traverser la frontière avec le Costa Rica avec un véhicule de location, très très peu de loueurs l'autorisent et dans ce cas il est préférable alors de demander une confirmation écrite de l'agence le permettant.
Véhicule personnel
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Le bus est très développé et bon marché au Panama (dans les 2 ou 3 US$/100 km). De plus, il va partout ou presque grâce à de nombreuses compagnies et de larges fréquences (cf. horaires et réseaux). Il demeure un excellent moyen de locomotion pour découvrir le pays.Comme dans de nombreux endroits, il existe deux catégories de bus. Les "basiques" sont d'anciens "school bus" américains qui sont de loin les plus économiques mais aussi les plus lents. Ils font d'assez courts trajets de village à village ou en périphérie des grandes villes et sont souvent considérés comme dangereux au point que depuis 2010 les autorités les font progressivement disparaître au profit de véhicules/réseaux plus modernes comme par exemple le système Metrobus de l'agglomération de Panama City. Sinon, on trouvera des "express" ou assimilés qui assurent les longs trajets, notamment le long de la Panaméricaine, et offrent un bien meilleur service pour juste un peu plus cher.
Il est souvent payant. Il peut se pratiquer à la limite dans les zones/moments sans transports en commun même si ce n'est pas vraiment conseillé au niveau sécurité.
Le pays possède le plus ancien chemin de fer transcontinental au monde, reliant depuis 1855 les villes de Panama et Colon. Toujours en service, la ligne Panama Canal Railway Company qui a d'abord une vocation de frêt entre les deux océans assure aussi un service voyageurs en semaine pas mal utilisé des touristes qui peuvent ainsi découvrir le Canal et ses paysages. Chaque trajet de 1 heure par sens est à 25 US$.
Toutes les îles ou presque à proximité du continent sont accessibles en (petits) bateaux affrétés ou plus ou moins réguliers:
Bocas del Toro
Sur Caraïbe ouest. Départs en bateaux‑taxis au plus court de Changuinola et surtout d'Almirante (1/2 heure; < 10 US $) ou plus au sud de Chiriqui Grande pour la Isla Colon qui est l'île principale. On peut circuler ensuite dans l'archipel en bateau‑taxi. Ferry Express assure également une desserte régulière chaque week‑end depuis le port de Colon avec aller le vendredi soir et retour le lundi matin (11 heures de trajet). À noter que Bocas est largement proposé en forfait transport et/ou hébergement au départ du Costa Rica voisin ou de Panama City.
San Blas
Sur Caraïbe est. L'accès côté panaméen se fait via les quelques bourgades du Golfe de San Blas, accessibles par route ou avion, à partir desquelles un bateau‑taxi vous mène dans l'archipel pour 15/25 US$ par trajet. Pour ceux qui ont les moyens, on peut aussi choisir l'option voilier au départ du Panama ou de Colombie (Carthagène). Sinon, il existe pas mal d'offres complètes d'agences sur cette destination touristique et exagérément chère qui est devenue un bon business lucratif pour les Kunas.
Côte Pacifique
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Iles du golfe de Chiriqui: sur Pacifique ouest. Selon les îles c'est soit du cabotage à travers les rivières et méandres au sud de la ville de David, soit des départs du village de pêcheurs de Boca Chica qui permet d'atteindre facilement les principales îles de l'archipel (Palenque, Secas, Boca Brava...)
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Ile de Coïba: sur Pacifique ouest. L'île étant un parc naturel sans guère d'infrastructures, on fait généralement l'aller‑retour dans la journée à partir du village de Boca Chica (2 heures) ou la station balnéaire de Santa Catalina (1 heure). C'est aussi une excursion organisée par diverses agences.
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Taboga: sur Pacifique centre. L'île étant en face de Panama City, c'est de là que partent pour au moins une rotation par jour les lignes régulières de Calypso Ferry (1 heure; 14 US$ A/R) et National Tours Ferry (1/2 heure; 16 US$ A/R).
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Las Perlas: sur Pacifique est. Ce sont les compagnies Sea Las Perlas et Ferry Las Perlas qui assurent la desserte de l'archipel, dont en premier lieu l'île de Contadora au départ de Panama Ciudad. Comptez dans les 100 US$ l'A/R.
En plus d'une multitude d'aérodromes locaux, le Panama possède une vingtaine d'aéroports disposant d'au moins une liaison régulière, essentiellement d'ailleurs à destination de la capitale où d'une certaine façon tout ou presque tout le trafic transite. On pourra donc relier assez facilement les différents points du pays qui, d'un bout à l'autre, fait quand même pas loin de 1 000 km. Seul inconvénient c'est au départ, ou via, Panama Ciudad que s'effectueront ces liaisons.La capitale possède deux aéroports avec un (Albrook) spécialisé quasi‑exclusivement dans le vol intérieur, et l'autre (Tocumen International) qui fait le reste. C'est donc au départ d'Albrook qu'on s'envolera avec Air Panama qui gère le trafic intérieur avec 24 villes (Copa n'assurant qu'un David‑Panama). De façon générale, les tarifs ne sont pas trop excessifs et il faut compter dans les 100 US$ le vol pour relier la capitale (au centre) aux extrémités est ou ouest du pays.
Il sont nombreux à la capitale et se reconnaissent à leur couleur jaune. Mieux vaut les prendre aux stations ou via son hôtel afin d'éviter quelques désagréments possibles, surtout en soirée, et favoriser bien sûr les taxis officiels. Comme beaucoup ne disposent pas forcément de compteur, il est nécessaire de convenir du prix de sa course avant. On peut aussi se renseigner au préalable auprès par exemple de son hôtelier afin d'avoir déjà une idée.
Autres moyens
Depuis 2010 les autorités font progressivement disparaître les anciens bus scolaires US qui assuraient les dessertes urbaines ou périphériques au profit de véhicules/réseaux plus modernes comme par exemple le système Metrobus de l'agglomération de Panama City.Panama Ciudad possède également un métro inauguré en 2014 (cf. réseau et tarifs).
Pour la plupart des voyageurs le bus est le meilleur moyen de locomotion, même si à plusieurs une location de voiture ne coûte pas trop non plus et peut s'envisager pour un peu plus de liberté.
