Même si le Panama est un pays "nature", il est loin de compter le même nombre de parcs et réserves que son voisin costaricien. De plus proportionnellement, au niveau touristique, l'ensemble n'est que peu aménagé afin de proposer des circuits de treks ou autres activités outdoor. Bref, le choix sera un peu limité avec avant tout la région de Boquete (le mieux), les îles et toute la partie est du pays au demeurant pas toujours conseillée.

•	Bastimentos: si Colon est l'île principale de l'archipel Bocas del Toro, Bastimentos est la plus tranquille car classée en grande partie comme parc national.

•	Parc national La Amistad: à la fois sur le Panama et le Costa Rica, le site est classé au patrimoine de l'Unesco. Il possède une grande diversité végétale et offre de multiples opportunités de treks.

•	Parc national de Coiba: ce parc formé par l'île de Coiba est classé à l'Unesco. Le site est propice à la plongée et on peut également y voir des baleines, tortues, requins, etc.

•	Parc national du Darien: classé au patrimoine de l'Unesco cet immense parc, limitrophe de la Colombie, est riche au niveau faune et flore. Il fait partie de la région du Darien et, comme l'ensemble ou presque de cette zone, demande certaines précautions en matière de sécurité.

•	Parc national de Soberania: cette vaste étendue forestière entre Panama Ciudad et le lac de Gatun est réputée pour les oiseaux. On peut y faire des randonnées, notamment ornithologiques, au départ de Gamboa.

•	Volcan Baru: le volcan proche de la ville de Boquete est le sommet du pays et est inscrit comme parc national. On peut y accéder en randonnée.