Bonsoir !
Je vous conseillerais de prendre le JR pass, les transports sont vraiment chers au
Japon. Il sera également pratique pour visiter
Tokyo puisqu'il est utilisable pour la ligne Yamanote du metro qui desserve presque toutes les stations des quartiers touristiques (Shinjuku, Harajuku, Ueno..). Parce que prendre le métro plusieurs fois par jour ça revient assez cher.
Sinon, je pense que vous avez assez de temps pour visiter une troisième ville si vous passez cinq jour à
Kyoto. Je vous conseille entre autres
Kanazawa,
Takayama, ou peut-être
Ise (où vous avez un magnifique temple).
Pour le ryokann il y en a partout, et ils ont souvent un onnsenn. Je n'ai jamais testé de ryokann à
Tokyo, mais je sais qu'il y en a beaucoup à
Kyoto ou dans les villes citées si-dessus. Par contre si vous cherchez des "vrais" onnsenn (tennnenn onnsenn), à savoir avec de l'eau thermale (pas seulement de l'eau chaude versée dans des grands bassins), il vaut mieux vérifier d'abord auprès du ryokann. Il y en a beaucoup à
Takayama, mais il y en a forcément aussi à
Kyoto et ailleurs ! Par contre la nuit en monastère je ne sais pas du tout.
Et pour la saison, c'est parfait, vous aurez les cerisiers (n'oubliez pas de tester les sakura-mochi, des mochi à la fleur de cerisier et enroulés d'une feuille comestible, c'est absolument délicieux), et la température parfaite. Très bien choisi ;)
Vous pouvez choisir de repartir de l'aéroport de Kansai mais je ne pense pas que ce soit vraiment nécessaire.