La question est très vaste c'est sur, mais si vous voulez aller dans ces deux pays en trois semaines je pense qu'il n'y a pas beaucoup d'alternative. Je vais vous exposer le trajet qui me semble le plus judicieux et complet par rapport au temps dont vous disposez.
Lima ->
Cusco (visites de la vallée sacré et des ruines incas)
Cusco ->
Puno ou
Copacabana en
Bolivie, les deux villes sont au bord du
Lac Titicaca et donnent accès à une ile (Taquile depuis
Puno et
Isla del Sol depuis
Copacabana) j'ai préféré
Copacabana plus petite et moins polluée que
Puno.
Il faut deja compté une grosse semaine pour cette partie du voyage.
Ensuite prendre la direction de
La Paz: visiter la ville, laissez vous tenter par la descente a vélo de la
route de la mort, puis repartez vers le sud pour 3 jour dans le Salar d'
Uyuni et le
sud Lipez. Le plus simple pour remonter à
Lima et de se faire déposer à San Pedro de Atacama au
Chili puis de prendre un bus pour
Lima. Si vous avez le temps arretez vous à Nasca, Pisco ou
Iquique sur la route.
Je n'ai pas mentioné
Arequipa,
Potosi et bien d'autre mais ces villes en vallent aussi la peine...