De mémoire, les consignes sont souvent à 300 yens la petite et entre 500 et 700 yens pour la grande. Le prix correspond à la journée, donc à partir de minuit pour récupérer tu paies le double. C'est vrai que pour les grandes, il y en a pas beaucoup par gare.
Fare attention au format de ton bagage. Les valises (non compressibles) je ne sais pas si toutes peuvent loger dedans, en ce qui nous concerne on avait de gros sacs mous qu'on a vidé en partie dans des poches, pour tout caser en "hauteur" et on pouvait "aplatir" sur les côtés (le bordel mais ça rentré nickel dans un grand casier).
Pour
Tokyo, je sais qu'à la gare d'Ueno on en a toujours trouvé des disponibles. Il doit sûrement y en en avoir pas mal à la stations de Shinjuku (mais c'est un vrai labirynthe). Donc suivant le lieu de ton hôtel regardes les stations des "grandes" gares assez proches, celles où circule le shinkansen sont celles où tu auras plus de chance de trouver des consignes. Sinon peut être que ton hôtel peux te les garder avant ton check-in, nous ce système a marché pour tous les logements.