Garder une autonomie dans les transports au Japon

Je suis avec ma compagne pour visiter le Japon, nous restons 44 jours arrivé Osaka le 6 juillet, et je me pose la question du transport.
Nous n'avons pas du tout besoin d'aller à toute vitesse, on se voit bien prendre un bus tranquille quand on veut bouger, j'ai quand même fini par prendre plusieurs airbnb pas chère au vu des prix des guesthouses.
Mon probleme c'est leur histoire de pass, c'est assez stressant j'ai l'impression qu'il faut tout calculer en ce qui concerne les transports.
Je vous remercie si vous pouvez me conseiller, je donne notre parcours:
de l'aéroport direction tanabé (en bus?)
2 jours à Tanabé
le chemin de kumano kodo avec une nuit camping à chikatsuyu
arrivé à hongu 2 nuits au camping
bus pour koya san 2 nuits au camping
jeudi 13 juillet arrivé à Kyoto (en bus - en train?)
7 nuits airbnb à kyoto
jeudi 20 juillet départ pour Takamatu (train ? bus?)
2 nuits à Takamatu visite de Naoshima
départ pour hiroshima train ? bus ?
2 nuits airbnb à hiroshima
Départ pour Kinosaki (peut-être, ou alors pourquoi pas ailleurs si j'ai des conseils de voyageur sur place...
J'ai pris un airbnb à Tokyoj'aimerai visiter le sud tokyo avant le retour sur Kyoto puis france.
Bref je trouve que tout est déjas beaucoup planifié et leur histoir de pass à utiliser sur tant de jour oblige a encore plus cadrer. Les pass sont chères est ce que je ne peux vraiment pas imaginer aller à la gare des bus et prendre un bus pas chère quand je veux et bien sûr ca ne me gène pas du tout si c'est très lent. Merci pour votre réponse

Vous n'etes pas obliges du tout d'achter un Pass. Il n'y a pas de JR Pass pour des voyages aussi longs.
Sans JR Pass, les trains Shinkansen et Express sont tres chers. Il vaut mieux employer les bus express sur les longues distances, et les trains locaux (sans supplement) sur les distances plus courtes.