Personnellement je préfère toujours aller directement à la destination la + éloignée du point où on doit retourner pour rentrer, et faire les étapes vers ce point :)
Donc prendre directement le train pour
Kyoto.
En 15j tu devrais faire 5-6 jours a
Kyoto et y garder la chambre, de là visiter
Nara,
Himeji,
Osaka, Koya-San.
Ensuite reprendre le train vers
Hakone, apparemment en passant par
Tokyo-Shinjuku, et y rester 2 ou 3 jours.
Puis retourner à
Tokyo pour 5-6 jours et de là aller voir
Nikko le jour où tu auras envie de nature ;)
ça ressemble en fait à mon propre programme d'avril (voir mon post), c'est sans doute pour ça que ça me semble des bon choix.
Cela a plusieurs avantages : seulement 3 hotels (donc tu peux y laisser tes affaires et ne prendre qu'un petit sac a dos chaque jour, ça réunit la plupart des trajets de train, dont les 2 + chers la premiere semaine (JR pass de 7j suffisant).
Et enfin, le shopping et donc l'encombrement est condensé sur la fin, tu ne trimbales pas tes achats dès le début ;)