Je pense en effet qu'il y a (un peu) trop d'étapes.
Une nuit à
Nikko, oui, c'est pas mal. Car en effet, il y a trop de touristes le jour et ça se vide le soir... Bien que début novembre, ce soit quand même plus calme. Bon, en même temps, ce n'est pas vraiment "la foule", mais croiser 80 % d'occidentaux dans une ville qui au départ est un peu pittoresque du
Japon, je trouve que ça gâche quelque peu le côté exotique de la chose !
En gros, vous y êtes 14 jours c'est ça ?
Alors c'est clair que pour
Kyoto, il y a à peu près le compte, mais pas pour
Tokyo ! Il ne faut vraiment pas y rester moins de 5 jours INTRA-MUROS... Je conseille même un peu plus (7, c'est bien !). Franchement, car c'est une ville immense et variée et tu n'en feras tomber les clichés (ville fourmilière, futuriste, et tout et tout...) qu'en y restant un certain temps...
Je dirais que
Tokyo +
Kyoto + juste une autre étape, ce sera très largement suffisant. Sur cette autre étape, perso, je n'ai pas vraiment de préférence entre
Miyajima et
Nikko... Je pense qu'Hiroshima n'est en tout cas pas indispensable (du coup, n'aller qu'à
Miyajima, c'est beaucoup de trajet, autant plutôt
Nikko peut-être). Si tu as envie de plus de campagne, tu peux éventuellement louer une voiture pour rester deux voire trois nuits sur
Nikko et découvrir un peu les environs, car la région est très belle (lac, montagnes, forêts très denses...). D'autant que là, tu ne seras pas loin de la période des feuilles rouges...
Quant à
Nara, tu verras bien une fois sur place si tu veux y aller puisque ça se fait sur une journée depuis
Kyoto... Il est fort probable que tu aies envie de rester sur
Kyoto...
D'une manière générale, je trouve qu'il faut limiter les étapes qui multiplient les parcours "de liaison" pour profiter au mieux de son séjour... Le
japon est un pays à découvrir en prenant son temps...
De toute façon, tu y retourneras !