Pour la météo, le sujet a été très souvent abordé... Septembre, c'est globalement encore très chaud (mais pas forcément...) et c'est la pleine période des typhons.
Je confirme qu'une seule nuit sur
Kyoto (et malgré ma très nette préférence pour
Tokyo 
) c'est vraiment beaucoup trop peu.
Kyoto n'est pas qu'une ville de temples par ailleurs, il y a de beaux quartiers sympas (dont Gion évidemment) et une excellente gastronomie (comme partout au
Japon, mais les spécialités sont différentes de celles de
Tokyo).
Mon conseil : allonge (au moins !) d'une journée
Kyoto... ou ne reste qu'à
Tokyo ; ce qui est aussi une bonne solution au passage... mais sur 11 jours, tu peux quand même rester un jour de plus à
Kyoto sans pour autant "sacrifier" ton séjour sur
Tokyo.