Salut,
y a un plan très sympa à Bamako, c'est la pension Séguéré à Torokorobougou ou un truc dans le genre, c'est au pied du 2è grand pont à Bamako. je crois qu'ils ont un site internet. C'est un vrai ptit coin de paradis avec des piaules abordables.
Sinon à Ségou si tu y restes un peu longtemps mieux vaut chercher un logement à louer (tu peux t'en sortir pour 75 € par mois).
pour Tombouctou, je sais que c'est assez cher car très touristique et personnellement je n'ai pas trouvé l'accueil très chaleureux. A part les hotels je connais rien.
Voilà un début de réponse...