Hello !
C'est un second prénom non usuel ? Ou c'est le second prénom d'un prénom composé ?
De toute façon tous les prénoms inscrits sur l'acte de naissance peuvent être utilisés comme prénom usuel.
Je ne pense pas que cela soit un souci tant que le nom est correctement orthographié et que le prénom est présent sur la pièce d'identité.
J'ignore si ton vol est métropolitain ou Europe mais veille surtout à ce que ta pièce d'identité soit en cours de validité.
Et puis les cartes d'embarquement ont un nombre de caractères limité non ?