Bonjour Nicole79,
Personnellement, nous sommes partis en Mars/Avril, pendant 1 mois, et nous n'avions réservé que
Kyoto,
Tokyo et KoyaSan. Afin, de ne pas être trop contraint dans notre voyage.
Ensuite, nous avons réservé qq nuits depuis l'office de Tourisme de
Kyoto (Très pratique, car il parle bien anglais, et peuvent facilement réserver dans tout le
Japon), et pour les autres nuits, nous réservions directement à l'office de tourisme à notre arrivée dans la ville (super rapide!).
C'est sur, qu'après, il est plus difficile d'avoir LE meilleur prix, mais généralement, ils proposent toujours des logements très bien et ils en ont pour tous les prix et gouts!

Perso, nous étions toujours aux alentours de 4200Y/pers sans repas ou 6300Y/pers avec 2 repas pour un minshuku ou ryokan bon marché.
Il y a aussi la possibilité de prendre le Toyoko inn le plus proche (Toyoko inn : grande chaine d'hôtel à l'occidental, en moyenne, 8400Y/ la chambre pour 2) :
www.toyoko-inn.com/eng/
Sinon, pour les résas, pas besoin de passer par agence, il suffit d'aller sur le site de résa de l'office du Tourisme japonaises :
www.itcj.jp/
(réservation gratuite, et réponses dans les 3Jours max, des logements très sympa et relativement bon marché).
Pour le budget? C'est pour deux? Avec / Sans les billets? Avec / Sans le JRPass? Avec/Sans les souvenirs??! LOL
Bonne journée,
Cheza