Si tu restes sur
Tokyo, globalement, il n'y aura pas de problème avec la Golden Week.
Excepté quelques lieux touristiques comme la Sky tree, mais, pour un premier point de vue sur la ville, mieux vaut Roppongi ou les tours de l'hôtel de ville à Shinjuku (c'est gratuit en plus, et il y a rarement du monde).
Concernant le musée Ghibli, je te suggère, une fois sur place, d'aller dans les supérettes Lawson pour voir s'il y a toujours des places de libres. Ce n'est pas parce qu'il n'y a plus rien sur internet que tout est complet. Attention, le musée est presque exclusivement en japonais, on n'y apprend pas grand-chose si on ne pratique pas la langue...
Pour le reste, je te suggère de consulter un peu toutes les discussions sur le
Japon, visiblement, tu n'as pas commencé par ça...