Avec l'aéroport international Luis Muñoz Marin situé à la périphérie de San Juan, Puerto Rico possède la première plate‑forme aérienne de toute la Caraïbe. Chaque année ce sont plus de 8,5 millions de passagers (8,733 en 2015) qui l'utilisent pour se rendre sur place ou en transit vers d'autres lieux. Assez logiquement le trafic de/vers les USA et les Caraïbes y est plutôt dense, grâce notamment à la compagnie américaine Jetblue Airways très bien implantée au point d'être le premier transporteur pour l'île avec une cinquantaine de rotations quotidiennes.En plus de San Juan (qui en compte aussi un second petit), d'autres villes portoricaines bénéficient d'aéroports plus ou moins conséquents. Aguadilla (à l'ouest de l'île) et Ponce (au sud) ont ainsi un petit trafic de/vers New York et la Floride avec des fréquentations respectives de 250 000 et 120 000 passagers/an. Pour le reste, ce sont essentiellement les plate‑formes des îles Vieques et Culebra avec leurs vols de/vers Puerto Rico qui assurent le plus d'activité.Au delà de plusieurs transporteurs US bien implantés sur place (Air Sunshine, Cape Air, JetBlue...), Puerto Rico possède aussi quelques petites compagnies à ses couleurs:

•	Air Flamenco: basée à la Culebra, elle dessert San Juan, Ceiba et Vieques en régulier ainsi que quelques îles des Caraïbes en charter.

•	Culebra Air Services: des liaisons régulières entre Culebra, San Juan, Vieques et Fajardo ainsi que des vols charters vers certaines destinations des Antilles.

•	Seaborne Airlines: des liaisons entre San Juan et une quinzaine de destinations des Caraïbes.

•	Vieques Air Link: basée sur l'île de Vieques, c'est plus de 30 vols quotidiens vers plusieurs villes de Puerto Rico, Culebra ainsi que les Îles Vierges américaines et britanniques.