Il existe une desserte bi‑hebdomadaire, le mardi et vendredi, entre Mayotte et l'île d'Anjouan aux Comores. Le trajet est effectué le Maria Galanta de la société SGTM qui peut accueillir 200 passagers. Il en coûte 160 € A/R.Quant à Madagascar, il n'y a pas de liaison directe au départ de Mayotte. Par contre, via Anjouan, il est possible d'atteindre Majunga sur la côte nord‑ouest malgache par un autre bateau hebdomadaire (le mardi) de la même compagnie SGTM. Comptez 90 € le trajet simple entre Anjouan et Majunga.

Mayotte n'est pas vraiment dans une zone de croisière, et les paquebots de passage sont rares.

Très peu de voiliers venant d'ailleurs abordent les côtes mahoraises, et la plupart des bateaux qu'on peut voir sont généralement des locaux.