1) Pas de problèmes particuliers.
2) Pour les annulations, ça dépend de l'assurance qu'ils ont et qu'ils proposent (pour un site ou pour une agence). Go voyage en avait une terrible il y a 3-4 ans mais ils ont arrêtés (tu pouvais annuler pour n'importe quel motif)
3) Si le site internet est peu connu, voire étranger, et que la compagnie aérienne n'a pas de personnel en
France, ça devient effectivement compliqué ou impossible d'avoir des indemnités (exemple précis d'un surbooking sur KLM)
4) D'aprés ce que j'ai vu, les billets d'avion sur internet ne sont pas moins chers (en tout cas sur les sites français), par contre c'est plus simple de comparer les prix.
Personnellement, je suis tombée sur une personne hyper compétente dans une agence de voyage, et du coup je m'emmerde beaucoup moins à chercher sur le net.
Donc, à mon avis, si tu as trouvé un billet pas cher sur le net, mais que tu préfères passer par une agence, note bien les coordonnées du vol, fait 2-3 agences de voyages, et tu devrais résoudre ton problème.
5) il y a aussi des compagnies discount (je sais pas si c'est le bon terme), genre easyjet ou autre, qui ne sont référencées ni par les sites comme opodo (qui à mon avis n'est pas le meilleur), ni par les agences de voyages. Il faut se renseigner directement auprés de ces compagnies ou des aéroport autour de chez toi.