Ca dépend si tu veux prendre le temps ou en faire le plus possible en un minimum de temps...
Je suis du genre à m'asseoir et à r^ver, observern genre regarder passer les gens,... Et donc, moi, 3 ans, ça ne m'a pas suffi!!!

Plus sérieusement: partons des "incontournables" (après, bien sûr, c'est très subjectif!!) et tu peux adapter selon tes désirs.
Grande Comore
- Le Karthala: ascension environ 6h et descente environ 4h30, il faut passer la nuit au sommet, c'est assez sympa (bon, ok, on se couche à 18h30 tellement on est fatigué, mais bon...

) => 2 jours complets
Chomoni (une plage à l'Est de l'île, disons en face de
Moroni mais de l'autre côté): pareil, y passer la nuit est super sympa => 2 jours en tout (évidemment, ça dépend aussi de ton moyen de transport: si tu utilises les taxi s-brousse, il faut partir dans la matinée et revenir en milieu d'après-midi, si tu as une voiture dispo c'est plus facile et tu perds moins de temps en transport... A voir...) Maloudja / les plages du Galawa (au Nord de l'île, après
Mitsamiouli): 1 journée Chindini (au Sud de l'île): si tu vas aux
Comores pendant la saison des baleines (environ juillet-novembre, août et septembre étant généralement les mois le + top): 1 journée (le temps d'y aller, de louer la barque et de partir, de voir les baleines, de revenir, de rentrer sur
Moroni,...) Itsandra: possibilité de sortie dauphins à Itsandra en louant une barque avec un pècheur.
N.B.: les sorties baleines et dauphins sont possible aussi à
Mayotte, et apparemment avec une meilleure organisation.
Anjouan
- Kouni Djodjo: nous, on y a passé une journée (partis le matin, pique-nique au pied de la cascade, retour le soir). La rando est sympa et se baigner au pied de la cascade aussi!!
Moya: parce que l'ambiance est zen (petits bungalows en surplomb de la plage, bonne cuisine et possibilité de langoustes pas chères, il faut prévenir avant).
N.B.: Il y a sans doute plein d'autres choses à faire à Anjouan, mais j'y étais toujours chez des amis, Français ou Anjouanais, donc pas la même ambiance ni les mêmes "plans" qu'en touriste...
Mohéli
- Les chauve-souris de Livingstone: BALLADE VRAIMENT SYMPA (passer 1 nuit à Wala + prévoir le temps du trajet car il faut faire le tour de l'île, qui n'est pas bien grande mais bon... Et le temps n'existe pas à Mohéli...

) Les îlots (au Sud de l'île, dans le parc marin): nous, on y avait passé plusieurs nuits (on avait emmené une tente et une popote, + 2-3 boîtes de sardines, du riz...). TRES reposant!!!

1 nuit sur un plage en face des ilôts (j'ai oublié le nom) pour voir les tortues pondre.
Mayotte Ponte des tortues sur Petite Terre. L'ilôt de sable blanc: ça c'est super sympa!!!! On avait bivouaqué sur plusieurs plages, mais je ne me souviens plus des noms... Re-désolée!

Mais des résidents de
Mayotte devrait pouvoir te filer plein d'infos!! En fait, je suis allée à
Mayotte 2 fois en vacances, mais n'aie plus le souvenir des noms de lieux (faut dire qu'on y allait aussi pour aller dans un supermarché, etc.

), et la dernière fois c'était pour la naissance de mon fils => j'ai pas trop visité...

Evidemment, il y a PLEIN d'autres choses à faire: les boîtes de nuit de
Moroni sont sympas, les bals poussières mohéliens (notamment vers
Fomboni) aussi, juillet-août = la saison des "Je viens" et des grands mariages, les petites soirées chez le brochettis, etc. En revanche, je te déconseille la période du Ramadan car moins de magasins et de restaus ouverts, etc.