S'il est une destination synonyme de nature, c'est bien Madagascar! Le pays est en effet très riches en zones naturelles exceptionnelles puisque celui‑ci abrite 18 parcs nationaux et une trentaine de réserves terrestres ou marines. L'ensemble, hors quelque parcs privés comme Berenty, est géré par Madagascar National Parks. Depuis 2007, six sites (Andohahela, Andringitra, Marojejy, Masoala, Ranomafana et Zahamena) sont même classés au patrimoine mondial de l'Unesco sous le label "Forêts humides de l'Atsinanana".Contrairement à d'autres pays, les tarifs des parcs (publics) ne sont pas très élevés. Les tickets s'achètent directement sur place à un prix variant en gros de 3 à 8 €/jour selon les sites, avec une dégressivité si on compte rester plus longtemps. On peut choisir de visiter les lieux avec des guides agréés, stationnés aux postes d'accueil des parcs. Généralement les tarifs de leurs prestations, selon leur spécialité, est affiché.Parmi les endroits les plus "intéressants" au niveau touristique, on notera avec un vaste choix:

•	Parc national de Marojejy: ouverte à la visite depuis relativement peu de temps, cette zone montagneuse proche de la mer offre de très beaux paysages forestiers et une grande biodiversité. C'est un des parcs classés à l'Unesco en tant que forêts humides de l'Atsinanana. On peut y randonner

•	Parc national de Masoala: dans la presqu'île du même nom, ce parc terrestre et marin offre de superbes paysages avec une faune et une flore très riches parmi lesquels randonner. On peut également profiter des plages et de la plongée dans cette presqu'île.

•	Parc national de la montagne d'Ambre: proche de Diego Suarez et surtout de l'ex Joffreville qui en est le point d'entrée, ce parc est constitué de cascades et de forêt humide dans laquelle vivent nombre d'espèces de lémuriens. On peut y randonner.

•	Réserve de l'Ankarana: une très belle réserve à 100 km au sud de Diego Suarez réputée pour sa faune (lémuriens, reptiles, crocodiles, oiseaux) et surtout ses magnifiques formations karstiques (tsingy).

•	Parc national d'Ankarafantsika: à côté de Majunga, un parc de forêts et de lacs dans lesquels vivent nombre d'oiseaux, de crocodiles et de lémuriens.

•	Parc national de la baie de Baly: ce petit parc proche de Majunga est à la fois terrestre et maritime. Il abrite plusieurs espèces de tortues.

•	Parc national des Tsingy de Bemaraha: d'incroyables reliefs karstiques classés au patrimoine mondial de l'Unesco. Ils sont situés pas loin de la côte, dans le plus grand parc de Madagascar dans lequel on peut randonner mais qui reste cependant assez difficile d'accès.

•	Parc national des Tsingy de Namoroka: ce superbe endroit, au sud‑ouest de Majunga, offre des paysages constitués d'impressionnants reliefs karstiques, de grottes et de canyons. On peut y voir nombre d'oiseaux, de reptiles et de lémuriens.

•	Parc national d'Andasibe-Mantadia: assez proche de Tana, ce joli parc forestier reçoit beaucoup de visiteurs vu sa localisation. Il abrite une flore et une faune très abondantes dont nombre d'espèces de lémuriens.

•	Parc national de Mananara Nord: un petit parc à la fois terrestre et maritime du littoral du nord‑est. On y vient notamment pour la randonnée, les plages et la plongée.

•	Parc national d'Andringitra: dans le sud de l'île. Ce parc aux hautes montagnes et vallées profondes en parties boisées parmi lesquelles on peut trekker abrite un faune et une flore des plus riches. Il fait partie des six parcs classés à l'Unesco en tant que forêts humides de l'Atsinanana.

•	Parc national d'Isalo: superbe parc de montagnes et de profondes vallées reconnu pour ses paysages, sa végétations et ses lémuriens. On peut y faire de très beaux treks.

•	Parc national de Ranomafana: ce site proche de Fianarantsoa fait partie des six parcs classés à l'UNESCO en tant que forêts humides de l'Atsinanana. Il est connu pour ses paysages, sa flore (dont des orchidées) et sa faune qui inclus nombre de lémuriens et d'oiseaux.

•	Parc national d'Andohahela: ce parc forestier de montagne, proche de Tolanaro, possède une faune et une flore assez riches, de même que de belles cascades. Il fait partie des six parcs classés à l'Unesco en tant que forêts humides de l'Atsinanana.

•	Parc national de Kirindy Mitea: juste à côté de Morondova (et distinct de la réserve forestière de Kirindy), c'est un joli parc constitué de forêts, savanes et mangroves, ainsi que de lacs et de plages. On peut y voir des baobabs, des lémuriens et des oiseaux.

•	Parc national de Zombitse Vohibasia: entre Toliary et l'Isalo, ce petit parc abrite beaucoup d'espèces d'oiseaux. On peut y randonner.

•	Réserve de Berenty: cette toute petite réserve privée entre Tolanaro et Ambovombe abrite nombre d'espèces d'oiseaux et de lémuriens. À ce titre, c'est une des plus visitées de Madagascar.

•	Réserve de Tsimanampesotse: autour du lac salé du même nom, ce parc au sud de Toliara permet d'observer nombre d'oiseaux dont des colonies de flamants roses.