Le Kenya abrite plus de 60 parcs et réserves dont plusieurs inscrits au patrimoine de l'Unesco (Mont Kenya, parcs du Lac Turkana). L'ensemble couvre 8% du territoire, soit plus de 45 000 km². Ces sites, avec leur faune unique et facilement visible, représentent traditionnellement (avec la côte) le principal intérêt touristique du pays. Toutefois, pour des raisons de sécurité, ceux de la partie nord du pays ou de sa côte nord ne sont pas recommandés ou nécessitent au grand minimum de bien se renseigner avant sur la situation du moment.C'est le Kenya Wildlife Service qui est en charge de la gestion des réserves et parcs nationaux (sauf pour ce qui est du Masai Mara). Parmi les endroits les plus appréciés des visiteurs:
L'intérieur
Cherangani Hills: petit massif montagneux de l'ouest du Kenya dans lequel randonner.
Lac Baringo: ce lac situé pas loin du Bogoria abrite des hippopotames, des crocodiles et des flamants roses. On peut s'y balader en bateau.
Lac Bogoria: au coeur du pays, ce lac comme tous ceux de la région est une zone d'habitat pour les flamants roses. D'origine volcanique, il permet également d'apprécier des geysers et sources chaudes.
Lac Magadi: c'est le plus au sud des lacs de la vallée du Rift, pas loin de la Tanzanie. De nombreux oiseaux y nichent dans d'assez jolis paysages.
Lac Naivasha: à une centaine de kilomètres au nord‑ouest de Nairobi. Ce lac d'altitude qui est aussi parc national est connu pour les oiseaux et hippopotames qui y vivent. Juste à côté, le petit Hell's Gate National Park a une plus grande variété d'animaux et des possibilités de randonnées et de camping.
Lac Nakuru: ce lac de la vallée du Rift accueille plus d'un million de flamants roses, mais aussi divers autres animaux comme des lions, rhinocéros, hippopotames, zèbres, etc, qui vivent en bordure de ce lac classé parc national.
Lac Victoria: à cheval sur la Tanzanie, le Kenya et l'Ouganda c'est le plus grand lac d'Afrique et une importante voie de communication.
Mount Elgon: cet ancien volcan à la frontière avec l'Ouganda, classé parc national dans chacun des deux pays, offre d'assez beaux paysages de falaises, grottes et autres rivières, parmi lesquels il est possible de randonner. On y croise des éléphants, des buffles ou des antilopes.
Mont Kenya: c'est le sommet du Kenya (5 199 m) situé au centre du pays. Classé comme parc national au même titre qu'à l'Unesco, il propose de beaux paysages et d'intéressantes possibilités de treks ou d'alpinisme. Tout autour, plusieurs villages de différentes populations aux traditions parfois encore bien présentes (Masaï, Kikuyu…).
Parc national d'Aberdare: ce vaste parc d'altitude de la vallée du Rift avec ses belles cascades est situé au nord de Nairobi. Il abrite nombre d'espèces africaines dont des lions, léopards, éléphants, buffles, rhinocéros, oiseaux, etc. On peut y randonner localement.
Parc national d'Amboseli: ce site à la frontière tanzanienne avec vue sur le Kilimandjaro est un de ceux où on peut voir les célèbres "Big five" de la faune africaine (lion, léopard, éléphant, rhinocéros et buffle). C'est le second plus visité du pays après Masaï Mara. Plusieurs villages masaïs sont situés sur son périmètre.
Parc national de Marsabit: petit parc situé sur la route de l'Ethiopie, à côté de la ville du même nom. Il est réputé pour ses zèbres et des oiseaux, même si on y observe toute la gamme de la faune locale.
Parc national Meru: cette zone marécageuse du centre du Kenya est assez peu visitée. On y voit cependant les "Big five" de la faune africaine.
Parc national de Nairobi: le site, aux portes de la capitale, abrite une très grande diversité d'animaux (lions, rhinocéros, hippopotames, zèbres, girafes, oiseaux…). À voir si on a pas l'occasion de visiter d'autres parcs dans le pays.
Parcs nationaux de Tsavo East et West: ces deux parcs contigus forment une des plus grandes réserves du Kenya. On y découvre dans de jolis paysages la majorité des espèces africaines. C'est généralement le parc visité par ceux qui ne séjournent qu'à Mombasa sur la côte.
Parcs nationaux du lac Turkana: au nord de la vallée du grand Rift, à la frontière éthiopienne, le site comprend à la fois le lac Turkana et ses îles plus le petit parc de Sibiloi. Le tout est classé à l'Unesco. On peut y randonner et voir nombre d'oiseaux, crocodiles, hippopotames, girafes, lions, etc.
Réserve nationale du Masai Mara: commun avec la Tanzanie où il est appelé Serengeti, ce parc mondialement connu est le plus visité du Kenya. On y trouve toute la faune africaine, notamment en période de migration, dans un décor de savane où vivent aussi des populations masaïs.
Réserve nationale de Samburu: au centre du pays, la réserve est contigüe aux parcs de Buffalo Springs et Shaba, formant ainsi un vaste territoire pour la faune diverse et variée qu'on y rencontre.
Vallée du Grand Rift: cette très longue faille géologique d'origine volcanique traverse tout le Kenya où elle est à la base de plusieurs lacs (une dizaine classés à l'Unesco) parmi les plus profonds au monde et divers sommets tel le mont Kenya.
Parc national marin de Watamu: ce parc marin, à côté du petit village‑station balnéaire de Watamu, est considéré comme un des meilleurs spots de plongée de la région.
Réserve nationale de Shimba Hills: au sud‑ouest de Mombasa, pas loin de la mer. La réserve accueille plusieurs centaines d'éléphants.
La flore locale varie selon sa localisation. Sur la côte, on retrouve des palmiers ainsi que des mangroves. Dans les plaines du Sud poussent des baobabs et acacias. Les forêts tempérées et les bambous recouvrent les régions montagneuses.Dans la savane, plus précisément dans les parcs nationaux et les réserves, on peut observer toute la faune africaine sauvages: lions, éléphants, girafes, rhinocéros, etc... Plusieurs espèces d'oiseaux sont également abondantes autour des lacs. On y dénombre également quelques primates et reptiles.