Autant si on reste sur San Juan ou les zones balnéaires les transports en commun peuvent être suffisants pour se déplacer, autant si on souhaite découvrir l'intérieur ou sortir un peu des sentiers battus la voiture devient la meilleure solution. De plus, elle offre bien sûr plus de liberté et facilite grandement les choses si on a décidé de n'avoir qu'un seul point de chute lors de son séjour et de rayonner à partir de celui‑ci. À la limite, pour faire quelques économies, on peut aussi envisager de ne louer un véhicule que pour une durée déterminée, le temps de visiter ce qui est difficile autrement sans être autonome au niveau transports.Il est très facile de louer une voiture à Puerto Rico. L'offre est assez conséquente et on trouvera des loueurs aux ports et aéroports, dans les villes et zones balnéaires. De façon générale, les prix demeurent abordables et on peut espérer s'en tirer pour 30 à 40 US$/jour pour un petit modèle.

Comme en République Dominicaine, les guaguas sont minibus collectifs. Ils partent quand ils sont (très) pleins, s'arrêtent à la demande, et sont une option très économique, mais pas vraiment confortable, pour circuler dans les villes et au delà sur des distances courtes ou moyennes.

En dehors du train de banlieue de San Juan, il n'existe plus de lignes passagers sur Puerto Rico.

Il existe deux lignes principales de ferries qui font la liaison plusieurs fois par jour entre la côte est de Puerto Rico (Fajardo) et les îles de Vieques et Culebra (cf. horaires). Pour la première comptez 90 minutes de mer pour 2 US$ A/S, et 120 minutes pour 2,5 US$ A/S pour la seconde.Il y a également une petite ligne ferries au niveau de San Juan entre le port de celle‑ci et la municipalité périphérique de Catano de l'autre côté de la baie de San Juan. Plusieurs rotations par heure et moins de 10 minutes de trajet pour 0,50 US$ A/S. Sinon, au delà de ces ferries réguliers, on trouve aussi des "water‑taxis" ou diverses embarcations qu'on peut toujours affréter pour se déplacer vers les îles ou le long de la côte.

Bus urbain: essentiellement sur l'agglomération de la capitale avec les bus de la Metropolitan Bus Authority qui roulent tous les jours jusqu'à généralement 22h00. Le ticket est à 0,75 US$ et les chauffeurs ne rendent pas la monnaie.Train de banlieue: l'agglomération de San Juan possède un "Tren Urbano" qui dessert la ville et sa périphérie tous les jours de 5h30 à 23h30 avec une ligne longue de 17 km (16 arrêts). Comptez 0,75 US$ le ticket sans réduction (divers pass existent).

Autant si on reste sur San Juan ou les zones balnéaires les transports en commun peuvent être suffisants pour se déplacer, autant si on souhaite découvrir l'intérieur ou sortir un peu des sentiers battus la voiture devient la meilleure solution.

Distances (km) entre les principales villes ou lieux touristiques du pays: