Au delà des cargos qui partent de métropole ou d'ailleurs avec Madagascar (et Toamasina son principal port) comme destination ou étape.Il existe une liaison maritime, plus ou moins bimensuelle, entre la Réunion et Tamatave sur la côte est malgache. Elle est réalisée par un cargo fret‑passagers de la Mauritius Shipping Corporation qui est la même compagnie qui assure le trajet Réunion‑Maurice. Comptez 36 heures de mer pour un tarif d'environ 300 € minimum.De Anjouan (Comores), il est possible d'atteindre Majunga sur la côte nord‑ouest par un bateau hebdomadaire (le mardi) de la compagnie SGTM. Comptez 90 € le trajet simple entre Anjouan et Majunga.Ensuite, d'Anjouan à Mayotte, il existe une desserte bi‑hebdomadaire entre les deux îles. Le trajet est effectué par le Maria Galanta, toujours de la société SGTM, qui peut accueillir 200 passagers. Il en coûte 160 € A/R.Il n'y pas de liaisons régulières cargos qui prennent des passagers, et encore moins de ferries. Zanzibar (Tanzanie) et Mombasa (Kenya) sont les deux principaux ports de la côte orientale africaine, ainsi que Durban pour l'Afrique du Sud.

Il n'existe pas énormément de croisières sillonnant l'Océan Indien et lorsqu'un paquebot (souvent parti d'Afrique du Sud) doit accoster dans l'île, c'est au niveau de Nosy Be ou de Diego Suarez et sa baie qu'il y a escale. À noter quand même qu'on peut trouver localement, et en premier lieu à Nosy Be, de petites croisières de deux ou trois jours en voilier autour des îles ou de la côte.

L'Océan Indien n'est pas une grande zone de plaisance, du moins pour des bateaux basés hors de la région. Donc, assez peu de voiliers se rendent à Madagascar. On les retrouve avant tout - et logiquement - en dehors de la saison des pluies et des cyclones (novembre‑mars), essentiellement sur Nosy Be ou Sainte-Marie.